環保署署長沈世宏，4月12日參加臺南市政府「仁德排水生態礫間淨化工程暨萬代橋生態礫間淨化工程」開工動土典禮。二項工程總經費2億574萬元，其中環保署就補助了1億4,400萬元。工程完成後每日可處理二仁溪重要支流，三爺溪2萬公噸的污染排水。沈署長表示，近年來政府及民間團體攜手合作，共同努力完成二仁溪多項重要工作，包括水質改善、沿岸廢棄物清理、堤防興建等，使得二仁溪的嚴重污染河段從92年的100%，降到101年的24.2%，而沿岸溼地也已陸續出現招潮蟹、彈塗魚、白鷺鷥等生物，顯現了初步整治成效。
沈署長進一步表示，三爺溪是排入二仁溪主要污染排水，臺南市政府為積極改善三爺溪水體環境，已完成環保署補助虎尾寮污水處理場及仁德水質淨化場每日截流2萬5,000公噸三爺溪水處理工程。
另環保署，101年亦補助臺南市政府在港尾溝溪滯洪池旁施作水質淨化場工程，每日截流處理1萬3,000公噸保安排水，補助工程經費約5,789萬元，以改善嚴重污染的港尾溝溪。
環保署近2年大力補助臺南市政府2億707萬元辦理二仁溪污染水體與土地整治工程。環保署期望臺南市政府依進度於103年完成各項水質淨化場，除可改善溪水污染外，也可塑造更多兼顧生態、生活，且乾淨、舒適又宜人的親水空間，除可使沿岸民眾有更好水質及居住環境外，更可使大家加了解居家周圍水環境的重要性，進而提昇民眾愛護水環境的意識。