配合SARS居家隔離住戶垃圾收集清運，各縣市刻正加緊相關作業中。環保署為掌握各縣市動員情況，明天（五月二日）起，將採網路申報方式，要求各環保局將清運情形及所需要協助事項，於每天中午十二時前，透過網際網路，直接上網填報，各縣市如有任何問題也可立即以網路回報並電話連絡本署對口單位，以即時協助處理。此外，每日各縣市協助清理居家隔離住戶的垃圾量，環保署也將對照各縣市衛生局所提供的居家隔離人數，以確實掌握各縣市清理效率。目前居家隔離戶數較多的台北市、台北縣及桃園縣均已完成合格處理廠商的委託作業。
對部分縣市反映清潔隊員口罩及手套不足問題，環保署已向衛生署徵調部分供地方使用，不足的也已透過中央機關聯合採購機制向中信局緊急訂購中，此外各縣市委託感染性廢棄物清除處理機構的費用，環保署將在行政院特別預算通過後補助給各縣市。對於收治SARS病患的醫院及被公告隔離醫療院所產生的廢棄物，環保署通令要求代清理之業者及縣（市）環保局，依照環保署訂定的標準作業程序，加強清除、處理過程的相關防疫措施，包括消毒作業及防護裝備。對於居家隔離戶本身居家內的垃圾收集貯存，環保署已訂出注意事項，供民眾遵守。注意事項可上環保署網站(http://waste.epa.gov.tw)查詢。