針對民進黨發言人蔡其昌及前新聞局局長鄭文燦於今年2月中油空污費事件發生時的不實發言，對環保署造成傷害，該署經寄發存證信函要求更正，兩人均置之不理，已委託法律事務所於11月16日提起妨害名譽民事訴訟，要求兩人登報道歉。
環保署表示，今年2月中油空污費事件發生時，環保署署長於2月25日聯合晚報指出，空污費事件紛擾係蘇貞昌擔任院長及陳瑞隆擔任經濟部長時訂定之中油浮動油價計價公式發生錯誤，造成民眾誤解所致。聯合報於2月26日報導民進黨發言人之蔡其昌先生表示「油價飆漲時，蘇內閣採行『凍漲』政策，不像馬政府空污費A錢，如果浮動油價不對，為何不廢除？上任快兩年的環保署長沈世宏都在睡覺嗎……沈世宏遇到問題就卸責，這種沒擔當的政務官，非常不適任。」，另蘋果日報於2月26日A第六版報導前新聞局局長民進黨鄭文燦先生的發言「在蘇貞昌任閣揆時期的新聞局前局長鄭文燦昨回應，國民黨已執政兩年，要有擔當，不該一遇問題就推給前朝。」。其內容均為與事實相違的不當發言，故意讓民眾產生誤解，對該署造成傷害。為此，該署已寄發存證信函要求兩人更正澄清其發言內容，惟並未獲得任何回應，因此環保署已委託協和國際法律事務所代為提出訴訟，並於11月16日上午向台北地方法院提出告訴，要求蔡其昌及鄭文燦先生分別於聯合報及蘋果日報刊登道歉聲明，以還環保署公道。
有關此次環保署針對民進黨鄭文燦先生及蔡其昌先生，在年初中油公司空污費徵收爭議事件中，於媒體上發表不實言論而提出民事訴訟請其登報澄清說明乙節，環保署說，行政部門依法行政，推動各項政策及措施均有其一定的程序與步驟，民眾當然可以有不同的意見與看法。但近年來，部分政治人物或是民眾在不了解事實或是刻意曲解事實的情況下，以不實言論或是污衊字眼侮辱行政部門及公務員，長期下來行政部門及公務員工作士氣也深受打擊。此次空污費徵收爭議經由監察院於99年4月7日調查完竣，主要問題出在民進黨蘇貞昌院長執政時期經濟部長陳瑞隆時，中油公司所擬定的浮動油價公式有瑕疵，經監察院於99年4調查糾正經濟部後，該部也立即修正以符合現況。監察院之調查報告中亦指環保署均依法行政，且經濟部均未知會環保署關於油價公式之訂定，亦已獲釐清。該署於監察院調查報告公佈後，除於99年5月6日發函告知鄭文燦先生及蔡其昌先生之外，並於7月22日以存證信函請更正原先不正確之說法並於原先受訪的媒體上加以澄清，但兩位先生均置若罔聞。
環保署強調，言論自由是憲法所保障，該署對於政治人物、媒體及民眾對政府政策提出批評與指教也絕對尊重。但言論不應背離事實，更不應以侮辱字眼污衊政府部門或公務員。特別是準備執政的政治人物及政黨更不應如此，目前這種錯誤的言論及顛倒事實的說法，混淆台灣社會，此風氣也造成民眾價值判斷的錯亂，對社會風氣及國家整體發展只有百害而無一益。
環保署說，此次該署於11月16日向鄭文燦先生及蔡其昌先生提出民事告訴，也僅是要求渠等針對不實發言內容在其受訪媒體登報說明及澄清事實，目的是藉由法院公正審理，除了還原事實真相之外，也希望目前準備參選的前院長蘇貞昌及現任黨主席蔡英文能有所表態，不應放任其黨內人士堅不認錯之態度，以能導正現今社會上不問事實及侮辱污衊政府部門及公務員的氛圍。