環保署表示，近來國內對於疑似或罹患禽流感疫病之禽類，係採高標準防治措施辦理，於發現養雞場有部分雞隻感染禽流感時，即全場撲殺。因此，有部分家禽養殖戶對於飼養雞隻發生死亡時，為避免遭到列管，即將斃死雞隻任意棄置於河川中或道路旁，除造成環境污染外，亦可能成為防疫漏洞。為此，該署呼籲養禽業者，如有動物疑似或罹患動物疫病死亡時，應確實依照動物傳染病防治條例之規定辦理通報及處理處置事宜，勿任意棄置；如業者有斃死動物需緊急處理時，亦可通報各地方環保機關或撥該署報案陳情專線0800-066666，俾儘速協助處理。另該署已於廢棄物管理處之網站（http://www.epa.gov.tw/h/）建置「環保機關因應禽流感防治相關訊息」，提供禽流感相關訊息及環保機關之相關因應措施，俾社會大眾了解。
環保署並表示，於國內發現感染禽流感疫情時，該署即聯繫行政院農業委員會瞭解相關動物疫情，當時即已掌握我國目前發現之禽流感病毒係屬弱株，動物防疫機關已積極進行防治工作。該署為預防疫情擴大，及依動物傳染病防治條例中，有關機關應協助動物防疫或檢疫人員施行防治措施之規定，立即訂定「地方環保機關於禽流感疫情爆發需緊急處理時之配合辦理原則與事項」，其中除要求地方環保機關應配合、協助農政單位緊急處理斃死動物屍體外，並對於經農政機關判定屬「無感染人類之虞類型禽流感」之動物屍體，認定為一般事業廢棄物，地方環保機關於接獲農政機關請求支援時，應立即安排運往轄內之都市垃圾焚化爐進行焚化處理。如該發生疫情轄區內無都市垃圾焚化爐，則該管環保機關應立即協調鄰近縣市環保機關，俾送往距離最近之都市垃圾焚化爐進行焚化處理，相關縣市環保機關應予配合。如動物屍體屬「有感染人類之虞類型禽流感」部分，則應認定為感染性事業廢棄物，地方環保機關應督導農政機關送往經環保機關核可且具有效消滅病毒焚化設施之甲級廢棄物處理、清理機構處理。
因近來有部分養禽業者將斃死動物棄置於路旁或水體之行為，環保署考慮地方環保機關於清理遭棄置之斃死雞隻時，除應有一定程序進行相關作業外，並應注意相關工作人員之安全維護，為此，該署已於一月三十日訂定「地方環保機關因應禽流感疫情清理棄置斃死動物作業程序」，並於二月二日函送各地方環保機關。於該作業程序中，將相關作業依不同階段分為預備、通報、現場作業、清除、處理及後續等六部分，以提供各地方環保單位於進行斃死動物之清理依循。
環保署強調，為遏止業者之斃死雞任意棄置行為，該署已函請農政單位應加強養禽業者之宣導外，環保機關亦將加強巡查、機動處理，並與農政單位合作追查動物屍體來源，如經查獲任意棄置斃死雞之業者時，其涉及可能感染傳染病部分，即移請農政單位依動物傳染病防治條例相關規定處理。另環保機關可視情節依廢棄物清理法處分，若屬一般事業廢棄物時，可處新台幣六千元至三萬元之罰鍰；若屬有害事業廢棄物時，可處新台幣六萬元至三十萬元之罰鍰。