鹽水溪是台灣污染最嚴重河川之一，環保署張國龍署長於96年5月3日視察鹽水溪最大污染來源之柴頭港溪及嘉南大圳排水線，並與營建署、農委會、水利署、工業局、臺南縣政府、臺南市政府等相關單位共同討論整治方向。另因鹽水溪河川巡守隊榮獲環保署95年度評比優良河川巡守隊，當日併同頒發獎狀及授旗，為這群河川守護尖兵加油打氣，並鼓舞河川巡守隊員們的士氣。
鹽水溪全長41.3公里，流域跨台南縣、市，除同心橋以上之河段為未（稍）受污染外，中下游河段均已呈中度、嚴重污染。流域內主要污染來源來自生活污水、工業廢水、畜牧廢水，並以柴頭港溪及嘉南大圳為最主要之污染來源。
環保署自91年起補助台南縣、市政府共計1億865萬元，進行鹽水溪污染整治，並已完成安順排水水質改善設施，每日截流淨化處理4,000噸安順排水河水。同時提出「嘉南大圳污染整治草案」，並與營建署、農委會、水利署、工業局、台南縣政府、台南市政府等相關單位，自95年起持續共同推動嘉南大圳排水線污染整治工作。至於柴頭港溪部分，由於污水下水道系統建設期程長達20餘年，過渡時期為改善柴頭港溪污染現況，環保署已先補助台南市政府進行截流水質改善方案規劃評估。
鹽水溪河川巡守隊因積極主動參與推動河川污染整治及長期投入河川巡守工作的表現，榮獲環保署95年度優良巡守隊，環保署張國龍署長亦親自頒發獎狀並授旗，感謝河川巡守隊為守護台灣河川的努力與付出。張署長鼓勵大家攜手合作，不分社區學校，不分縣市鄉鎮，共同守護河川，為河川發聲。建立綿密的河川守護網絡，在自家門前，在學校路邊，巡守河川，讓台灣的河川變得更乾淨。