七二水災後環境清除工作，根據環保署資料顯示，截至七月八日為止，各縣市環保單位已清除二萬一千公噸垃圾，二萬四千公噸污泥，投入清潔人力一萬二千人次，消毒面積已完成三千六百公頃。環保署於今日再提供雲林縣及南投縣一千六百公升消毒藥劑、租用消毒機具及雇工經費。針對交通中斷山區部落，環保署籲請當地民眾於聯外道路修復後，首先要做好環境消毒工作，環保單位將盡全力協助，提供足量的消毒藥劑及完備的消毒機具，以防範疫情。
另外，為確保飲用水水質安全，環保署已督促地方環保局加強飲用水水質抽驗工作，累計至今日自來水水質計抽驗六○九件，檢驗結果均符合飲用水水質標準。受損害淨水場部分，除昨日(七日)有埔里藍城、鹿谷及水里等三個淨水場恢復供水，今日又有集集及魚池東光等二個淨水場恢復供水。目前部分災區飲用水水質濁度偏高，環保署表示，濁度過高會影響消毒效率，進而影響水質安全，因此呼籲民眾在飲用水水源濁度較高期間，飲用前應先煮沸以確保安全。