環保署表示，有關環保警察隊因臺南市黃姓菜農未領有公民營廢棄物清除處理許可證即清運水肥，依廢棄物清理法第四十六條規定予以取締並移送法辦乙事，環保署已與臺南市環保局聯繫，請該局考慮將此行為以依廢棄物清理法第十四條規定，個案向環保署申請核准方式解決。
環保署表示，以往在台灣地區常有一般廢棄物、事業廢棄物或甚有害事業廢棄物隨意亂倒的情形發生，政府各級環保單位常疲於奔命，但往往稽查成效不佳。為有效管理廢棄物，於廢棄物清理法增修時修訂第四十一條規定，即從事廢棄物清除、處理業務者，應申請核發公民營廢棄物清除處理機構許可文件後，始得受託清除、處理廢棄物業務。另為有效規範清除處理業，同時增修廢棄物清理法第四十六條規定，未依第四十一條第一項規定領有廢棄物清除、處理許可文件，從事廢棄物貯存、清除、處理，或未依廢棄物清除、處理許可文件內容貯存、清除、處理廢棄物之情形者，處一年以上五年以下有期徒刑，得併科新臺幣三百萬元以下罰金之規定，以遏止不法棄置。該法修正實施後，對於惡性重大、大規模的違規傾倒行為確已達預期之效果。
環保署表示，在修訂廢棄物清理法第四十一條之規定時，也考慮到各地方因民情風俗關係，有些行為可能一併受到規範，有違法的顧慮。故在立法上，特別設計授權地方執行機關得因地制宜，對於因民情風俗而有可能觸犯第四十一條規定之行為，可專案報經中央主管機關予以核准方式，排除第四十一條之規範，並訂定第十四條規定：「一般廢棄物之清除、處理，執行機關得依報經中央主管機關核准之方式辦理」，惟地方執行機關至今未有依十四條規定專案報本署核准之案件，所以本署也未有核准過之案例。
環保署再次表示，有關環保警察隊因臺南市黃姓菜農未領有公民營廢棄物清除處理許可證，即清運水肥予以取締並移送法辦乙事，環保署已與臺南市環保局聯繫，請該局考慮依廢棄物清理法第十四條第二項之規定，將農民收取一般家戶水肥用於自家農地當作肥料之行為，納入為該市對水肥清理可接受之方式並報請環保署核准。嗣後該市農戶依此方式清除處理水肥不需公民營廢棄物清除處理之許可，即可從事該項工作，以化解此問題。未來如其他縣市農民從事相同之工作，亦可比照臺南市之作法，個案向環保署申請核准，將農民清運水肥排除廢棄物清理法四十一條之適用範圍。