行政院環境保護署配合溫泉法公布，並因應全國溫泉區近二分之一位於水源水質水量保護區情形，已依溫泉區廢水的來源、性質，初步研擬管制方案，作為未來溫泉廢水管理制度及措施制訂的方向，以維護溫泉區河川水質、自然生態，並使業者永續經營。
環保署初擬的兩種方案，方案一是分管排放，其中水量較大的單純泡湯廢水，僅規範需經簡易處理如過濾、消毒，即可排放，其他餐飲、沐浴及客房廢（污）水總水量將大幅降低，預期大部分業者可適用水量小於50噸/天的較寬鬆法令管制，僅需遵循相關設施標準即可。方案二是混合排放，因所有廢水混合在一起，總排放水量大多超過50噸/天，需面對放流水標準、排放許可、水污染防治措施及設施標準等較嚴格的管制。而且因為總廢水量大、水質變異極大，廢水處理設施的硬體投資、操作及維護成本亦相對大幅增加。
根據環保署初步調查結果，溫泉廢水水質特性與溫泉泉質關係密切。全國約有65％的溫泉泉質屬碳酸氫鈉泉，其餘則為硫酸鹽泉及氯化物碳酸鹽泉等多種泉質。經分析，單純的泡湯廢水，主要是溫度較高(約38℃) 及氫離子濃度因泉質酸鹼不同變化較大，其他污染物如大腸桿菌群、懸浮固體及少量特殊成分(如氯離子或硫酸根離子等)應可符合現行放流水標準。
由於大部分溫泉業者將泡湯廢水與沐浴、餐飲及客房廢水混合排放，反而使廢水中的油脂、大腸桿菌群及懸浮固體等污染物明顯升高。經由對數個溫泉區河川上下游水質分析及水中魚類、藻類等生態調查後，初步驗證對下游河川生態有影響。若將餐飲、沐浴、客房廢水與單純泡湯廢水分流處理，應可大幅降低溫泉廢水對河川的直接衝擊。
為廣泛聽取各界對溫泉廢水處理現況及兩種溫泉廢水管制方案的反應與意見，環保署特別於十月十二日及十五日在環保署及花蓮縣環保局召開兩場全國研商會，廣邀相關溫泉主管機關、環保機關、專家學者及溫泉業者一同參與研討。期望先凝聚政府單位及民間業者的共識，作為日後修正、訂定溫泉廢水管制相關制度或法規的參考依據。
環保署希望藉由經濟誘因及法令管制雙管齊下，鼓勵溫泉業者選擇對環境及業者最有利的方案，以維護溫泉區河川水質、自然生態，業者也能在好的環境下永續經營。