環保署於本（98）年6月18日假台南縣永康市立社教館邀集經濟部、農委會、內政部、台南縣政府、台南市政府及專家學者等，組成跨中央及地方河川染整治推動小組，召開「鹽水溪及急水溪污染整治督導及協調會議」，建立平台，以整合中央各部會及地方政府資源，加速河川污染整治工作。
鹽水溪及急水溪97年度嚴重污染長度比例皆為20.4％，鹽水溪及急水溪來自家庭污水污染之污染量約有64％及33％，因此須加速污水下水道系統及污水處理廠的建設。其中約36％及67％污染量來自畜牧廢水及工業廢水，致使鹽水溪之豐化橋及急水溪之急水溪橋水質不佳，因此透過整治小組，結合內政部營建署、農委會、工業局及其他單位之力，共同改善水質以達不缺氧、不發臭、水岸活化之目標。
為削減鹽水溪及急水溪污染，補助台南縣市政府加強污染源管制，另於污水下水道系統未建設前或未達地區，先以人工溼地、礫間氧化或截流晴天排水等方式處理，改善水質。補助台南市政府辦理「柴頭港溪截流引水工程興建及監造計畫」，將截流鹽水溪重要支流之ㄧ的柴頭港溪2萬立方公尺生活污水，利用台南市安平污水處理場餘裕量處理，該計畫將有助於鹽水溪下游鹽水溪橋水質的改善。
除鹽水溪及急水溪外，另針對全國嚴重及中度污染長度比例超過50%的淡水河流域、老街溪、南崁溪、濁水溪、北港溪、新虎尾溪、二仁溪、愛河及阿公店溪等9條河川，列為優先整治重點，亦將召開跨部會整治小組，全力推動污染整治工作，定期檢討整治措施，達到不缺氧、不發臭及水岸活化之目標。