自來水事業單位今(九十二)年五月一日開始，為避免SARS病毒透過自來水配水管線傳染，而提高自來水加氯量乙事，環保署表示當時即責成地方環保局及自來水事業單位加強水中餘氯量的監測，該期間檢測結果顯示，自來水中餘氯量仍維持在飲用水水質標準管制值○．二—一．○毫克／公升之內，平均值為○．六毫克／公升，水質符合安全飲用水標準。
自來水加氯消毒防止水媒疾病流行是二十世紀公共衛生的一大進展。雖然加氯消毒會與水中有機物質形成消毒副產物即總三鹵甲烷(THMs)，而增加致癌的可能風險，但是不加氯消毒而可能引起的水媒疾病比起致癌的風險高出許多。我國目前飲用水水質標準中，總三鹵甲烷標準最大限值訂為○．一毫克／公升，與世界先進國家的標準值相當，其致癌風險僅為十萬分之一，亦即是考量以體重七十公斤成年人，每天喝二公升的水，水中含總三鹵甲烷濃度為○．一毫克／公升，連續喝七十年後，每十萬人中有一人可能有致癌的風險，此亦為先進國家可接受的風險。