環保署於108年3月8日發布修正「水污染防治措施及檢測申報管理辦法」部分條文及第60條附表1。本次修正重點，為積極推動畜牧業循環經濟措施，將沼液沼渣肥分使用，依飼養規模，採行分級管理，簡化小型養豬場肥分使用申請管理程序及檢（監）測作業；另增訂檢測申報項目，並依事業特性及檢測費用之合理性，將檢測、量測及監測項目及頻率分級管理。
環保署表示，現行沼液沼渣農地肥分使用者執行土壤、地下水之監測費用高於繳交水污費之費額，申請程序較繳交水污染防治費程序繁瑣，影響多數小型養豬場採行沼液沼渣農地肥分使用之意願，且需同時採取二階段之申請，採行廢（污）水處理部分須申請廢（污）水管理計畫，由環保主管機關審查；採行沼液沼渣農地肥分使用，須申請沼液沼渣農地肥分使用計畫，經農業主管機關審查。為減輕小型養豬場行政申請負荷，加速辦理沼液沼渣農地肥分使用，故將沼液沼渣肥分使用，依飼養規模分級管理，修正重點如下：
一、修正「農地」名詞定義，明確農地指供作農作、森林、養殖、畜牧及保育使用之土地。（修正條文第2條）
二、簡化飼養豬隻未滿200頭之畜牧業之申請審查程序，將沼液沼渣農地肥分使用資料，納入廢（污）水管理計畫申請，免再申請沼液沼渣農地肥分使用計畫，免提供及檢測沼液、沼渣品質及施灌農地區域地下水水質、土壤品質之背景值及監測值，由直轄市、縣（市）主管機關邀請農業主管機關參與審查，並依其特性，明定申請、變更、停止使用及主管機關審查、監測及其他事項規定；基於簡化後配合調整行政作業所需時間，有必要延長應檢具廢（污）水管理計畫期限半年。（修正條文第49條之5、第49條之6、第49條之10及第49條之11）
三、第10章之1沼液沼渣農地肥分使用專章適用對象不包含飼養豬隻未滿200頭之畜牧業。（修正第10章之1）
四、飼養豬隻達200頭及飼養牛隻之畜牧業，沼液沼渣農地肥分使用之沼液沼渣品質檢測及地下水、土壤監測頻率，依影響土壤品質、地下水水質之風險性及監測成本之合理性，分級管理。（修正條文第70條之2、附表4）
五、飼養豬隻未滿200頭之畜牧業，依廢（污）水管理計畫記載事項輸（運）送沼液、沼渣，免依廢棄物清理法有關事業廢棄物再利用規定辦理，以符農地肥分使用之管理。（修正條文第110條）
另，因應107年6月13日水污染防治法修正公布，刪除污水取得許可得注入地下水體之規定、106年12月25日放流水標準修正發布，增訂管制項目及實務管理，故刪除注入於地下水體檢測規定之適用，並增訂檢測申報項目，及執行水質水量檢測申報時應符合之操作條件。另考量事業特性及檢測費用之合理性，將檢測、量測及監測頻率分級管理，以附表1臚列。（修正條文第83條、附表1）
其他修正規定，包括：營建工地逕流廢水污染削減計畫應於中央主管機關指定之日起，採網路傳輸方式辦理（修正條文第10條）；重大違規業者未依規定期限完成自動監測（視）設施設置，展延同意期間及限期改善期間不得排放廢水（修正條文第56條）；水量計測設施應至少每年校正1次，以維持水量計測之代表性。（修正條文第65條）；明確逾自動監測（視）設施規定之設置期間，新申請或變更水污染防治許可證(文件)後達應設置對象者，其設置完成期限。（修正條文第106條）。
環保署強調，採行沼液沼渣肥分使用分級管理，簡化小型養豬場肥分使用申請管理程序及檢（監）測作業，將可再提高畜牧業採行循環經濟意願；另檢測申報分級管理，可提升業者確實自我管理操作廢（污）水處理設施，以維水體清潔。
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