配合離島的地理特性，由環保署協助澎湖縣依據全分選零廢棄原則，最近完成澎湖縣「全分選零廢棄示範計畫」，並奉行政院九十三年五月二十四日函核定「原則同意」。該計畫捨棄焚化廠採源頭減量資源回收方式，環保署希望澎湖縣成為垃圾減量、資源回收及環境永續的示範縣。
澎湖縣是離島縣份，垃圾一直依賴掩埋處理，隨著工商、觀光發展所衍生，帶來的垃圾問題更造成土地有限的澎湖縣在處理垃圾上的困境。
澎湖縣推動的全分選零廢棄內容包含垃圾源頭減量、資源分類回收、廚餘回收及社區、軍隊、法人團體環保知能等的教育宣導及推動，至於垃圾處理相關主要設施包括垃圾儲存、垃圾分選、乾燥減量、造粒成型等設施，主要針對澎湖縣每日所產生的垃圾經由一般資源回收管道後進入資源回收廠的分選設施，再將進廠的垃圾細分為「資源垃圾」、「非資源適燃物」及「非資源不適燃物」三大類，分選出的「資源垃圾」將再送入目前一般的資源回收體系。
而「非資源適燃物」則經由廠內的乾燥減量造粒處理流程將垃圾製造成所謂衍生性燃料，而這些衍生燃料則可運往燃煤電廠、水泥旋窯、相關產熱鍋爐當作輔助燃料使用，甚至可設置相關熱能電廠自行回收熱能以供發電使用；至於分選所剩下的「非資源不適燃物」，其性質大都歸屬於沙粒、石頭之類，則送往最終處置廠暫存，亦可直接作為一般道路工程的級配使用。
環保署說，澎湖縣全分選零廢棄示範計畫已將垃圾處理方式從以往焚化處理，朝所謂「全分選零廢棄」方向邁進，綜觀我國垃圾處理模式從最早掩埋處理改為焚化處理，而如今澎湖縣垃圾處理則再朝「全分類零廢棄」的方向邁前ㄧ大步。