行政院環保署抽驗九十二年一至十月飲用水水質，結果自來水供水水樣合格率為九十九.六％，而供飲用的非自來水水樣合格率為五○％。
環保署本次共抽驗自來水水樣一○、四五四件，不合格四十一件，不合格項目包括氨氮(二十四件)、總溶解固體量(十一件)、氯鹽(八件)、自由有效餘氯(四件)、總三鹵甲烷(三件)、總菌落數、濁度及色度(各二件)、大腸桿菌群、硝酸鹽氮及pH值(各一件)，以地區分析金門縣抽驗不合格件數最多占二十八件，其次為澎湖縣五件。而供飲用的非自來水水樣共抽驗八一二件，不合格四○四件，不合格項目主要以大腸桿菌群二九○次最多。
根據環保署九十二年委託檢驗測定機構抽驗二五○處自來水供水系統水樣水質抽驗結果顯示，民眾關心的揮發性有機物(三氯乙烯、四氯化碳、1,1,1-三氯乙烷、1,2-二氯乙烷、氯乙烯、苯、對-二氯苯、1,1-二氯乙烯)等八項測值皆為未檢出。另重金屬(砷、鉛、硒、鉻、鎘、鋇、銻、鎳、汞、銀)、氟鹽、陰離子界面活性劑共十二項水質項目，均符合飲用水水質標準。
環保署說：根據近三年來自來水水質抽驗結果顯示，八十九年及九十年時自來水的不合格率分別為一.五九%及一.三六%，至九十一年時降為○.五三%，由此顯示大部分縣(市)自來水水質抽驗結果皆能符合標準，僅有少部份縣市因偶發的水質異常，致有水質抽驗不合格的現象，今年度前十個月曾抽驗出水質不合格的縣市為金門縣、澎湖縣、苗栗縣、彰化縣、雲林縣、台南縣、高雄縣、屏東縣、嘉義市及台北市等十個縣市；其餘縣(市)合格率皆達百分之百。
不合格件數較多的澎湖縣成功淨水場及金門縣榮湖淨水場，環保署已核定該二處淨水場提出的飲用水水源水質改善計畫書，其改善措施包括：雨季前以人工割除蓄水池內植物、增加水量開發、興建榮湖污水下水道以及榮湖污水截流系統、改善期間加強水質監測、加強集水區巡查工作及加強淨水場操作維護管理等，該署將督導台灣省自來水公司及金門自來水廠確實依核定期程改善水質。
環保署指出，五月份高雄縣鳥松鄉、澎湖縣湖西鄉及八月份金門縣金沙鎮三點的總三鹵甲烷未符合飲用水水質標準部分，該署已請環保局及自來水事業加強持續追蹤監測，並請自來水公司儘速改善，經環保機關後續抽驗高雄縣鳥松鄉、澎湖縣湖西鄉已完成改善符合標準，另金門縣金沙鎮仍持續追蹤監測。目前自來水水質大都在標準範圍之內，以危害人體健康的風險來看，安全性應無虞。
環保署表示，台灣省自來水公司推動大高雄地區自來水後續改善工程計畫，已完成取水口由九曲堂上移到高屏溪攔河堰，於澄清湖、拷潭和翁公園增設高級淨水處理設備，高雄地區自來水改善工程已於十月底完工，並於十一月起開始逐步供水，為確保大高雄地區自來水水質狀況，該署已督導高雄縣市環保局自十月起加強水質監測，監測項目主要針對影響適飲性的項目包括總硬度、總溶解固體量、氨氮，及影響健康項目的總三鹵甲烷、重金屬等。截至十一月底共完成檢驗一七二件且均符合飲用水水質標準，其中影響適飲性項目的總硬度，根據今年一月至十月高雄市及高雄縣抽驗一、○○○件水樣的總硬度平均值為二二八毫克/公升，十一月抽驗五十二件總硬度平均值已大幅降低至一六二毫克/公升。
對於未接用自來水地區的供飲用的非自來水，環保署表示，除由地方環保機關加強水質查驗外，並再加強宣導民眾，已裝設消毒設備的非自來水系統應確實加藥消毒，未裝設消毒設備者，應煮沸後才可以飲用，切勿生飲等，並持續要求縣(市)政府及經濟部等相關單位加速進行簡易自來水改善工作。
環保署強調，提供安全、高品質的飲用水是民眾日常生活關切事項，也是政府施政的重點。目前台灣地區自來水普及率已達百分之九十，該署為確保民眾飲用水的安全，將持續加強自來水水質的監測。環保單位對於檢驗結果未符合飲用水水質標準者，除依法處分外，並均通知供水單位限期改善完成，以有效督促自來水事業單位加強水質的監控及提升淨水處理技術。