艾利颱風帶來豐沛雨量，已造成台北縣三重、新莊、瑞芳、新竹市、新竹縣竹北、基隆市等多數地區淹水，環保署張署長祖恩親自帶領蔡副署長丁貴、林副署長達雄及倪主任秘書世標坐鎮環保署災害防救緊急應變小組並主持第二次應變小組會議，會議中指示該署緊急應變任務應傾全力儘速協助淹水地區環境清理工作及限期完成清理，並指派蔡副署長前往台北縣前進指揮所協助廢棄物清理工作。
根據環保署資料顯示，截至八月二十五日為止，各縣市環保單位已動員1711人次、清理垃圾量1869公噸、清理污泥量13公噸，目前仍持續全力清理中；有關新竹市淹水區域，其廢棄物部分，預計於今晚清理完成。環保署根據資料顯示，估計台北縣三重市及新莊市，淹水面積即達60個里以上，將產生大量垃圾，該署已請台北縣環保局規劃垃圾臨時堆置場並調度民間機具設備，將於積水退後立即展開，另有關台中縣后里焚化廠進場道路潰堤200公尺，該署已緊急通知水利署協助搶修中。
為了確保飲用水安全，行政院環保署已督促地方環保局加強飲用水水質的抽驗工作。累計至目前為止，各地方環保局及各自來水事業單位計抽驗九十四件，均合格，民眾可安心飲用。
根據中央災害應變中心提供資料指出，艾莉颱風侵台已造成台北縣部分地區、桃園縣全縣及新竹縣湖口鄉等地區暫停供水。環保署呼籲受災地區民眾，飲用水應先煮沸後再行飲用，以確保安全，或暫時飲用包裝水。
環保署提醒民眾，災後因原水中濁度增高，自來水加氯量相對增加將使得水中消毒水味較平時重，用戶宜先煮沸後掀蓋多煮三至五分鐘，以降低消毒水味道。