國內發生禽流感疫情後，不肖養殖業者任意棄置死禽使防疫工作出現漏洞並衍生出環境衛生問題，環保單位已通力合作加強巡檢工作。環保署還利用無人飛機於棄置熱區空中進行巡檢，截至今日已執行20處空中巡檢，並已完成清理巡檢發現的棄置點9處，陸、空聯合巡檢模式，讓違法棄置行為無所遁跡。
環保署表示，地面巡檢作業會受地形、河川或地上物等影響，造成視覺死角，但自從疫情發生後，環保署立即導入科技工具-無人飛行載具（UAV，俗稱無人飛機），借用其可大面積俯視優勢，突破地理上的限制，飛升至空中後，1個畫面大約可監視到寬度350公尺、長度270公尺，可俯視面積大約達0.09平方公里，就連河川行水區內的環境，也可以一覽無遺，有效提升巡檢工作效率及範圍。
環保署為了協助農政單位共同防疫，並保護民眾居家生活品質，自104年1月13日起至104年2月7日共計動員1,106人次、350車次、督察3,046場次，各地方環保局也稽查超過1,600場次，環保單位全力動員，共同協助執行防疫工作。此外，對於飼養3千隻以下無須辦理畜牧登記的養禽場，環保署也透過地理資訊系統工具，將其分別標定於電子地圖中，讓督察人員藉由行動裝置的衛星定位功能，能夠精準無誤到達進行禽畜場周圍環境查察作業，已對這些禽畜場周圍環境進行2,290次的督察作業。
自104年1月14日起截至104年2月6日止，桃園市、新竹市、苗栗縣、臺中市后里、彰化縣溪洲、嘉義市、嘉義縣鹿草、臺南市城西及永康以及屏東縣崁頂等10座焚化廠已協助處理禽類屍體計3048.95公噸，平均每日協助處理約127公噸。其中，嘉義市跨區協助雲林縣及彰化縣處理禽類屍體計80.1公噸，嘉義縣鹿草廠除處理轄內並跨區協助雲林縣及彰化縣處理禽類屍體計910.31公噸。
環保署呼籲國內養禽業者，共同做好禽流感防疫工作，若有發生異常死亡情形，需依農政單位規定主動通報，並依動物防疫人員之指導處理，檢驗後所飼養禽類確定患有禽流感，可依據農政單位公布之撲殺補償方式獲得補償；未通報或未依動物防疫人員之指導處理任，除無法獲得補償外，任意棄置還會被依違反動物傳染病防治條例第12條，處新台幣5萬元以上100萬元以下罰鍰。民眾若發現違法棄置禽畜情況，請立即聯繫所在地防疫單位進行處置，或通報環保陳情專線：0800-0666666，環保單位將儘速派員處理。