環保署於災後即積極投入復原重建工作，主要為協調垃圾清運車輛、機具，提供消毒藥劑及防治蚊蟲藥劑，目前持續在人力物力上充分支援臺東縣所需環境整頓資源，期讓民眾可以早日回復正常生活。
環保署表示，環境清理機具今(14)日再支援抓斗車共4類（包括傾卸式卡車、鏟裝機、抓斗車及挖土機等）43輛（部），累計支援機具170輛次，加強飲用水水質檢驗工作，督導環保機關及自來水事業單位累計抽驗382件，已完成檢驗之項目均合格，以確保民眾飲水安全。
環保署今日持續派遣 2 組5 人，協助環保局與當地清潔隊，即時共同解決災區廢棄物及垃圾清運問題，現已有10鄉鎮完成清理，其餘鄉鎮市依規劃進度清理。清理完成地區陸續開始進行環境消毒，計有臺東市、關山鎮、卑南鄉、池上鄉、太麻里鄉、大武鄉、綠島鄉、海端鄉、延平鄉等9鄉鎮市，消毒面積累計6,737公頃。
截至7月13日止，臺東縣颱風過後傾倒或修剪之樹枝累計收集7,924公噸，將分類處理後，進行資源再利用；家戶垃圾，累計收集4,679公噸，依循既有清理體系，妥善收集後分別送至轄內掩埋或送外縣市焚化處理，將儘速協助臺東縣全面恢復市容。