馬莎颱風來襲前夕，行政院環保署張署長國龍立即指示該署於4日上午8時成立緊急應變小組，並派員進駐中央災害應變中心，以妥為應變。環保署同時通知各縣（市）環保局依災情待命及完成廢棄物清理、環境消毒及飲用水抽驗等相關準備工作，以備於風災過後立即可進行各項環境清潔及消毒工作，必要時該署將協調請求國軍部隊人力協助。
該署為執行颱風期間的環境整頓和廢棄物清理工作，督導各縣市透過環保署開發完成的「天然災害污染防治資訊管理系統」，上網及時通報各項人力、機具、用品及設施等相關準備情形。環保署災害應變小組除了已掌握各縣市政府準備情形之外，並要求縣市環保局針對街道、重要河川水道、低窪地區等加強垃圾及廢棄物棄置巡查並適時清理，避免因廢棄物阻塞導致淹水情況發生。環保署也要求各縣市環保局應與鄉鎮市公所密切聯繫，備妥廢棄物臨時堆置場所，並掌握垃圾衛生掩埋場狀況，使災後廢棄物清理工作得以順利執行。
有關飲用水安全方面，環保署表示，因颱風後水源原水濁度恐會較高，環保署提醒請家戶應預存乾淨飲用水備用。