海葵颱風造成臺東地區多處路樹倒塌、交通受阻、溝渠堵塞、屋內物品家具遭沖毀等災情。環境部環境管理署（以下簡稱環管署）迅速補助臺東縣環境保護局環境清理及復原所需經費，作為災後清潔人力雇用、租賃緊急垃圾清運車輛（抓斗車、載運用卡車、小山貓等、怪手等）、處理所拆除之營建廢棄物、不易去化之資收物及毀損的家具之用。
環管署表示，該署南區環境管理中心於9月6日會同臺東縣環境保護局於災情較嚴重的東河鄉等地區執行環境清理、廢棄物處理及消毒作業，亦協調高雄市政府環境保護局迅速集結，馳援20輛抓斗車、10輛運土卡車。另感謝國軍弟兄投入臺東縣災後重建，派員移除道路上之路樹，清理主要受阻道路，協助恢復市容等復原工作，中央地方共同攜手迅速投入救災工作。
環管署提醒，風災後因戶外產生許多積水容器，社區病媒蚊密度可能上升，民眾雨後整頓環境之餘，務必定期巡查清除戶內外病媒蚊孳生源。沒有病媒蚊就沒有登革熱，請大家共同落實積水容器「巡、倒、清、刷」。環管署持續關心臺東縣災後復原情形，與地方攜手讓民眾儘早恢復正常生活，恢復美麗家園。