環保署於106年2月23日預告修正「水污染防治措施及檢測申報管理辦法」，為提升畜牧糞尿資源化之成效，促進畜牧資源循環經濟，及強化實務管理並杜絕執行之爭議，有必要修正現行畜牧業畜牧廢水排放管理、疏漏與溢流、回收使用等管理規定。
修正重點如下：
一、畜牧業飼養豬隻、牛隻，應採行削減措施及削減排放量。新設者，不得排放地面水體；既設者，5年內減少排放總量至1/2以下，10年內減少至總排放量至1/4以下。飼養豬未滿200頭之畜牧業應檢具廢（污）水管理計畫。
二、整合「疏漏」與「溢流」防範措施及應變措施管理。
三、增訂未經處理符合標準且未設置廢（污）水處理設施者，不得回收使用於製程外之其他設施之規定，補充水量應提出合理說明及記錄，杜絕稀釋行為，回收系統應具有淨化廢水水質功能條件。
四、使用燃煤之發電廠，應記錄申報燃煤含汞量相關資料及燃煤含汞量達一定濃度時應提出管理計畫，執行汞總量管理。
五、晶圓製造及半導體製造業、光電材料及元件製造業、印刷電路板製造業、電鍍業和金屬表面處理業，應依特性分流收集處理作業廢水。
六、鼓勵守法，合法業者定期申報時，簡化其資訊公開應檢具之文件。
環保署強調，藉由畜牧業採行畜牧廢水排放量削減措施，新設者不得排放畜牧廢水於地面水體；既設者5年內減少排放總量至1/2以下，預估每日將削減217公噸有機污染物及21公噸氨氮排放至地面水體，以促進水體清潔。另「整合疏漏含溢流管理」、「強化回收使用管理」、「發電廠燃煤總汞量管理」、「特定業別分流收集處理廢水」，除可強化水措及排放管理，並可提升執法及裁罰之有效性。呼籲業者確實守法，除可簡化定期申報時資訊公開應檢具之文件，亦可提升廢水處理效率，減輕操作成本。
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