環保署於106年12月27日發布修正「水污染防治措施及檢測申報管理辦法」，強制公共污水下水道系統核准許可廢（污）水排放量達每日1,500立方公尺以上者，應設置自動監測（視）設施，燃煤發電廠應執行汞總量管理、特定業別廢水應分流收集處理，另增訂飼養豬隻、牛隻之畜牧業應採行畜牧糞尿資源化處理、小型飼養豬隻之畜牧業應檢具廢（污）水管理計畫，及強化污染物疏漏之應變、廢水回收使用管理等相關規定，並給予緩衝期間，以利業者遵循。
環保署表示，基於公共污水下水道系統廢（污）水排放量大，亦有未經妥善處理或未依許可核准事項排放污水之違規情事發生，因此強制核准許可廢（污）水排放量達每日1,500立方公尺以上者，應設置自動監測（視）設施，最遲應於108年7月31日完成設置。
基於燃煤發電廠製程使用之燃煤含有汞之成分，排煙脫硫過程產生含汞之廢水，為掌握發電廠製程使用燃煤總汞量，及降低廢水中的汞排放總量，除於放流水標準加嚴汞之管制限值外，並規定燃煤發電廠自107年1月1日起應記錄申報燃煤總汞量相關資料，及燃煤總汞量達一定濃度時應執行汞總量管理。
另對於製程特性風險潛勢高之產業，廢水分流收集處理，除可提升廢（污）水處理之效率，並可減輕業者操作成本。故規定晶圓製造及半導體製造業、光電材料及元件製造業、印刷電路板製造業、電鍍業和金屬表面處理業，應依特性分流收集處理廢水。
實務上，畜牧業排放廢水一直以來讓民眾觀感不佳，為維護水體品質，同時兼顧及體恤畜牧業之管制負擔，歷年來採取多項優於工業之簡化、鼓勵或誘因措施，環保機關並推動畜牧廢水採行沼液沼渣肥分使用之管理方式，投資大量經費與人力協調結合相關部會共同輔導，期待畜牧業能妥善處理廢水，不要污染水體，不要遭受處分。惟儘管施以多項鼓勵或誘因措施，畜牧業者採行沼液沼渣肥分使用配合率不高，妥善處理廢水之守法程度仍待加強。因此，為提升畜牧糞尿資源化之成效，規定飼養豬隻、牛隻之畜牧業應採行畜牧廢水資源化處理措施(包含經農業主管機關核准畜牧糞尿水施灌農作個案再利用、核准沼液、沼渣作為農地肥分使用、經環保主管機關核准輸（運）送符合放流水標準之廢（污）水，作為植物澆灌)，並規定資源化比率應達總廢水產生量之百分之十；為利既設畜牧業者有足夠時間因應及改善，依飼養規模分階段給予5至12年緩衝期間。
另基於飼養豬隻20頭以上未滿200頭之畜牧業，常未妥善處理畜牧糞尿，排放於地面水體，造成水體水質之污染，實有事前審核其廢（污）水處理功能及掌握操作狀況之必要，因此規定應檢具廢（污）水管理計畫經主管機關核准，始得排放廢(污)水。
同時簡化畜牧業沼液沼渣農地肥分使用計畫申請程序，原核准施灌農地周界3公里範圍內增加施灌農地者，得以變更方式辦理，免重新申請沼液沼渣農地肥分使用計畫，並簡化申報內容，鼓勵畜牧業放流水回收再利用。
另為鼓勵守法，簡化守法業者定期申報之文件。業者申報時，當次應申報月份首日前一年內如無違反水污染防治法情事，僅需檢據水質水量檢測報告。
環保署強調，藉由水量水質自動監測（視）設施的運用，將使公共污水下水道系統水量、水質之自動監測即時數據公開透明，並藉由簡化沼液沼渣農地肥分管理規定，降低畜牧業負擔，將提高執行沼液沼渣農地肥分使用執行之意願，以促進水體清潔。
有關本次發布修正相關資料請參閱環保署新聞專區下載附加檔案（http://ivy5.epa.gov.tw/enews/fact_index.aspx），或於發布日3日後至行政院公報網站（http://gazette.nat.gov.tw/egFront/index.jsp）下載參閱。