有關經濟部工業局於98年2月6日召開記者會，聲明該局所屬大發工業區聯合污水處理廠並非97年12月份發生大寮鄉空氣污染事件的可疑污染源乙案，環保署表示，該署已依空氣污染防制法施行細則明定之中央及直轄市、縣(市)主管機關主管事項權責，將查證結果及經濟部工業局的說明資料函送高雄縣政府，請其逕依權責辦理後續查證、管制及公害糾紛紓處、調處等相關事宜，後續如有繼續查證本事件可疑污染源之需求，亦請其本權責查證並召開查證小組諮商或審議會議。因此，經濟部工業局如有相關補充資料，可向高雄縣大寮鄉空氣污染事件公害糾紛調處委員會進一步說明。
環保署對於所有違反水污染防治法之案件均依法查處，任何受處分之單位或個人，均可循正常法律程序提起訴願，至於觀音工業區污水處理廠涉及刑法部分，業已於98年初移送相關卷證資料交由桃園地方法院檢察署進行偵辦。
該署呼籲相關目的事業主管機關應確實負起督導之責，共同提升工業區聯合污水廠之操作管理，以改善污染現況並提升整體環境品質。環保署強調，該署對於環境污染稽查管制，向來皆秉持依法行政的態度，不因公有或民有設施而有差別。