環保署現正積極推動「畜牧糞尿沼液沼渣作為農地肥分使用」政策，改變過去以廢水、廢棄物處理之作法，將畜牧糞尿沼液沼渣視為資源，畜牧糞尿經厭氧發酵後即可作為有機肥分施灌農地。
畜牧糞尿之管制，自民國63年訂定水污染防治法以來，即以廢（污）水方式管制畜牧糞尿廢水之排放，畜牧業者設置固液分離、厭氧及好氧之三段式廢水處理之系統，串連處理。畜牧業放流水標準生化需氧量80mg/L、化學需氧量450mg/L，氨氮未受管制，符合該標準之廢水直接排放到河川、溝渠等水體，仍使部分河川河段缺氧、污染或發臭。環保署表示，畜牧糞尿中含氮量高，以一頭豬而言，每日排出的糞尿約有20公克的氮，每年則有7.3公斤的氮量，相當台肥5號40公斤（含氮量16%）裝的肥料1包；以全國養豬500萬頭來計算，一年產出氮量36,500公噸，相當500萬包之肥料，這些畜牧糞尿排放到河川水體即是錯置的資源，應師法老祖宗的智慧「肥水不落外人田」。
目前國際環保趨勢，歐盟國家對經處理或未經處理的畜牧糞尿，皆禁止排放到地面水體，所有畜牧糞尿須回歸到農田再利用或脫水、乾燥後焚化作為能源。目前歐盟主要畜產國家（丹麥、英國、德國）及澳洲、紐西蘭等即透過畜牧糞尿厭氧消化後，產生沼渣沼液，作為農地肥分使用，產生沼氣用來發電，產生蒸氣熱能及汽車的生質燃氣。
環保署已修正預告「水污染防治措施及檢測申報管理辦法」草案，擬訂畜牧糞尿厭氧發酵後作為農地肥分使用之專章，規定畜牧業者只要符合以下五項規定，畜牧糞尿即可作為農地肥分使用：1.畜牧糞尿排入厭氧發酵設施，厭氧發酵天數養豬糞尿達10日以上、養牛糞尿達5日以上，並應定期排出沼液、沼渣，另厭氧發酵設施應能妥善收集沼氣。2.沼液、沼渣作為農地肥分之場址，應簽訂合約書或出具同意書，3.除以灌溉水混合溝灌與漫灌外，應於施灌1小時內完全滲入土壤，表面不得積留沼液。4.除應符合發酵天數容量外，另應有暫停施灌期間之應變緩衝容量，養豬糞尿達10日以上、養牛糞尿達5日以上。5.申請沼渣沼液作為農地肥分使用計畫，經農政機關審查。如果是全量施灌，未排放到地面水體者，不需要再申請水污染防治措施計畫或申請排放許可證。該項法規已預告公聽、研商，預定本(104)年10月發布。
環保署說，該項創新作為預期至少可創造「四贏」的效益：
「第一贏畜牧業」：對畜牧業者而言，具有增加經濟誘因之效益。因畜牧糞尿直接經一定時間的厭氧，產生的沼氣、沼液及沼渣作直接利用，此部分畜牧糞尿免依水污染防治法第11條規定繳交水污染防治費，也不必擔心放流水排放水體超標被處分；若畜牧糞尿直接厭氧，沼渣沼液沼氣直接利用，廢水處理設施則不須再好氧曝氣，節省原有好氧曝氣處理的操作電費；畜牧場的沼氣利用或發電，更可進行碳權或綠電販售，增加營運收入。
「第二贏農民」：對農民而言，畜牧糞尿經厭氧發酵處理後的沼液沼渣具有豐富有機物質，作為有機肥分施灌農地，維持農地土壤肥力外，並能減少購買化學肥料費用，達成對環境友善及永續之效益。
「第三贏企業」：畜牧糞尿厭氧發酵產生之沼氣為溫室氣體之一，收集運用後即有溫室氣體減量之效果。倘企業與畜牧業合作投資厭氧設施及沼氣發電等設備，企業取得畜牧業碳權及綠電，作為企業開發或工廠擴建抵換之用。
「第四贏環境」：畜牧糞尿回歸農地施灌，即可減少畜牧污染排入河川，降低河川污染程度，使河川環境回復清淨，提升民眾生活環境品質。
環保署期望藉由推動「畜牧糞尿沼液沼渣作為農地肥分使用」，增進畜牧資源再利用，創造多元經濟效益，以達成「田肥水清」及環境永續之目標。