行政院環保署本(五)日發布九十一年一至九月飲用水水質抽驗結果，共抽驗自來水水樣八、二七二件，不合格五一件，合格率為九九‧三八％，不合格率為○‧六二％；不合格項目以自由有效餘氯二四次最多，其次依序為氨氮、總菌落數、濁度、pH值等項目。而供飲用的非自來水水樣共抽驗五五三件，不合格三二四件，不合格率為五八‧五九％；不合格項目主要以大腸桿菌群二○○次最多、其次依序為總菌落數、pH值、氨氮、濁度及硝酸鹽氮等項目，依不合格項目推測其原因，主要是因非自來水大都未經過妥善的處理及消毒，以相同的飲用水水質標準作為判斷依據，不合格率自然偏高。
環保署說：大部分縣(市)自來水水質抽驗結果皆能符合標準，僅有少部份縣市因偶發的水質異常，致有水質抽驗不合格的現象，今年度前九個月曾抽驗出水質不合格的縣市為金門縣、高雄市、連江縣、苗栗縣、澎湖縣、台北市、高雄縣、台北縣及南投縣等九個縣市；其餘縣(市)合格率皆達百分之百。另對於有影響健康物質的農藥、揮發性有機物及重金屬等項目的檢驗結果皆合乎標準，顯示自來水水質大都在標準範圍之內，以危害人體健康的風險來看，安全性應無虞。
另依據各縣(市)抽驗供飲用的非自來水水質檢驗結果顯示，大多數地區不合格率偏高，經環保署分析其原因主要是因非自來水大多位於偏遠地區，自來水管線不易到達，使用簡易供水系統或居民自行取用地表水或地下水飲用，因缺乏專人維護管理，加上大都未經過消毒，不合格率自然偏高。而對於未接用自來水地區的飲用水，環保署要求地方環保機關加強水質查驗，並宣導民眾，已裝設消毒設備的非自來水系統應確實加藥消毒，未裝設消毒設備者，應煮沸後才可以飲用，切勿生飲等。此外，並協調經濟部、原住民委員會督導縣(市)政府加速進行簡易自來水改善工作。
環保署進一步表示，自來水水質抽驗不合格原因大抵是部分地區水源水質狀況不佳、管線可能遭受到污染及淨水場在淨水處理上或水質監控上有瑕疵所致。環保單位對於水質抽驗結果未符合飲用水水質標準者，除均依法處分外，並通知供水單位限期改善完成，以有效督促自來水事業單位加強水質的監控並提升淨水處理程序。
環保署強調，七十七年至九十一年間自來水水質抽驗合格率均超過九五％，相較於非自來水水質抽驗結果，自來水可以說是最安全、最方便的飲用水。為確保民眾飲用水安全，環保機關除持續對飲用水水質進行抽驗工作外，環保署亦會同經濟部督促台灣省自來水公司推動大高雄地區自來水後續改善工程計畫(取水口上移及增設高級淨水處理設備等)，並持續要求自來水公司加強淨水處理及水質監控。另針對偏遠且無自來水地區的水質不合格率偏高問題，環保署除要求輔導管理單位改善，並自去(九十)年起協調行政院原住民委員會擬定「改善原住民地區部落飲水設施計畫」，預計改善經費為三十七億八千萬元分四年(九十至九十三年度)改善原住民飲用水品質；經濟部亦針對偏遠地區擬定「偏遠地區供水改善計畫」，預計自九十一年至九十五年分五年執行改善，預計改善經費為十一億一千萬元。另外，為改善離島地區飲用水品質，環保署持續督導金門縣自來水廠依八十七年核定「金門地區飲用水水源水質改善計畫」確實執行，改善項目包括興建水源區污水下水道系統及增加淨水處理設備。