媒體報導蘇花改環評生態調查疑似「失真」，環保署說明蘇花改環評案所執行之生態調查作業，符合99年審查當時之「開發行為環境影響評估作業準則」及「動物生態評估技術規範」等規定，交通部公路總局已依規定之調查方法，自98年2月至99年9月於路廊左右二側各500公尺執行16次的生態調查作業。
本次交通部公路總局委託行政院農業委員會特有生物研究保育中心所辦理之生態調查作業，其調查範圍、執行時間長短、採用之調查方法等均與環評階段有所不同，無法相互比較，但二者所得到之調查結果均有其參考價值。
環保署指出，為提升環評書件環境背景數據之真實性，該署已於106年12月8日修正發布「開發行為環境影評估作業準則」，要求開發單位進行環境背景資料之蒐集時，應落實優先引用政府機關已公布之最新資料，或其他單位長期調查累積之具代表性資料，以加強環境背景現況資料之公信力。
環保署說明，生態調查方法未來將持續評估檢討，且該署於蘇花改環評審查通過後，每年均定期辦理蘇花改的環評監督作業，必要時，可依監督情形要求提出環境影響調查報告或因應對策。