由於95年9月民進黨執政時期實施浮動油價而設計的計價公式，未考慮周全，沿用至今，造成96至98年中油公司收取及繳交空污費產生25億元差額，引發各界嚴重關切。為妥善處理此問題，環保署於2月10日會同經濟部能源局及會計師赴中油公司核對該公司96至98年所繳交之移動污染源空氣污染防制費金額，並請中油公司提供浮動油價公式中移動污染源空氣污染防制費計算基準，及降低油品硫含量所投資之金額，以釐清民眾疑慮。經查中油公司已依據98年度所生產各級油品比例計算浮動油價公式中空氣污染防制費項目之金額，汽油為0.0923元/公升、柴油為0.1291元/公升，並於下次油價調整時實施，未來該公司亦將每年檢討。
環保署表示，經查95年9月浮動油價公式實施後，中油公司按月向環保署申報及繳交之移動污染源空氣污染防制費並無錯誤，共收取約46億餘元，而依浮動油價公式計算所收取金額約71億餘元，差額約為25億元。
環保署再次說明，依據空氣污染防制法16條規定，移動污染源空氣污染防制費係採隨油方式徵收，88年4月起以中油及台塑石化公司為徵收對象。自民國89年開始即以出廠時油中硫含量做為分級徵收之依據，這期間利用分級收費之管制手段，提供經濟誘因，促使國內兩家油品供應商配合政策生產低硫油品，有效將油中硫含量自500ppmw降低至10ppmw。