環保署為評估淨水場之去除病毒之功能，委託專家學者進行「環境水樣中腸病毒檢測技術建立及調查」計畫，計畫中採用之聚合酵素連鎖反應檢測技術屬於非常靈敏的技術，檢出並不代表病毒還活著，經進一步以細胞培養，結果皆呈陰性反應，此表示飲用水中可能存在之腸病毒不具傳染力。我國飲用水都經過濾消毒處理過程，而由於腸病毒極易被氯破壞，因此，只要經淨水場加氯消毒處理後即可將病毒殺死，不會造成國人飲用水安全之問題，民眾可以安心飲用。