南部豪雨造成屏東縣、台南縣、台南市、嘉義縣、雲林縣等沿海地區淹水，環保署張署長國龍特別指示全署傾力協助淹水地區環境清理工作，儘速於水退後一至二天內完成環境清理及消毒工作。今(17)日已運抵淹水縣市1萬公升環境消毒藥劑，該批消毒藥劑可再稀釋成200萬公升消毒劑，該署估計已足夠災區環保單位進行災後環境消毒工作。對於地方環保機關若有需要國軍部隊人力協助，將透過災害防救會報協調機制，申請國軍兵力全力協助環境復原工作。
根據環保署資料顯示，截至6月17日為止，地方環保機關已動員3805人次、清理垃圾量2381公噸、清理污泥量1257公噸，目前仍持續全力清理中。
為確保災後飲用水水質安全，該署已督促地方環保局及自來水事業單位加強飲用水水質抽驗工作，累計至6月17日為止，飲用水水質計抽驗383件，全部合格，該署將督導環保單位持續加強災後飲用水水質抽驗工作，至濁度回復正常為止。環保署提醒民眾，用戶宜先煮沸後掀蓋多煮三至五分鐘，以降低消毒水味道。
環保署並籲請民眾對於居家環境應主動清理，配合環保、衛生機關實施家戶消毒；在淹水消退後，尤應特別注意室內外容易積水的地方及積水容器，迅速排除積水，及清除不必要之容器，以免孳生傳播登革熱之病媒蚊。