環保署配合104年2月4日修正公布水污染防治法之內容，於104年7月9日預告「水污染防治各項許可申請收費標準」修正草案，以實質審查及簡政便民原則，調整各項許可申請審查項目及收費費額，落實實務管理。
環保署表示，該收費標準係依水污染防治法第67條第2項規定，自83年訂定發布，經87年、91年、93年3次修正，迄今已逾11年。本次修正主要係考量水污染防治法及相關規定，已增訂水質水量自動監測、強化許可試車與功能測試、專家審查機制、網路申請及主管機關認定應提出風險評估與管理報告等實質審查內容，依規費法規定，以其審查文件複雜度，考量申請類別所需之資料審查程序、系統與設備之維護管理、審查人力工時及物價指數等，估算審查成本後訂定。
環保署說，本次修正依各項許可之申請、事前變更、事後變更、展延等，訂定不同之收費費額。另為鼓勵民眾多多利用網路，對以網路申請者，收費則予以折扣。另為簡政便民，申請案併同注入地下水體或排放土壤許可提出申請者，其審查費依最高者繳費，以減輕業者負擔。
有關本次預告相關資料請參閱環保署新聞專區下載附加檔案（http://ivy5.epa.gov.tw/enews/fact_index.aspx），或於預告日起3日後至該署網站（http://ivy5.epa.gov.tw/epalaw/index.aspx）「法規命令草案預告區」網頁，歡迎各界提供意見或修正建議給該署作為修法參考（Email:jdwang@epa.gov.tw）。