「中科科學工業園區后里園區（七星農場部分）開發計畫環境影響說明書」環保署分別於99年4月12日及4月29日兩次召開專案小組第6次初審會及延續會議，因列席團體、人員以與專案小組審查無關之程序問題刻意阻撓議事進行，甚至有咆哮、拍桌、不准與會人員表示意見或不尊重會議主席裁示等失序行徑，使兩天合計長達7、8小時之議事空轉，已嚴重妨礙環保署依職權辦理環評審查，環保署迫於無奈，於昨日登記發言之列席團體、人員均已表達意見後，於會議現場宣布專案小組會議聽取民間團體、民眾現場陳述意見到4月29日結束，如仍有其他意見，請以書面方式提供。環保署強調開發許可是否撤銷的法律適用問題，應由國科會依行政程序法處理，非屬本專案小組審查範圍，專案小組係依法院判決意旨及環評委員會第191次會議確定之程序，對開發單位中科管理局補件之環評書件進行實質審查。
對於中科三期環保主管機關得否命開發單位停工或通知目的事業主管機關命開發單位停工的議題，環保署已於99年4月26日召開法規委員會議討論，絕大多數法規委員贊同開發行為已完成環評審查程序並公告審查結論，事後因訴願或行政訴訟撤銷環評審查結論之情形，與現行環境影響評估法第14條第1項所稱「目的事業主管機關於環境影響說明書未經完成審查或評估書未經認可前，不得為開發行為之許可，其經許可者，無效。」之情形及第22條所稱「開發單位於未經主管機關依第七條或依第十三條規定作成認可前，即逕行為第五條第一項規定之開發行為者，處新臺幣三十萬元以上一百五十萬元以下罰鍰，並由主管機關轉請目的事業主管機關，命其停止實施開發行為。必要時，主管機關得逕命其停止實施開發行為，其不遵行者，處負責人三年以下有期徒刑或拘役，得併科新臺幣三十萬元以下罰金。」之適用要件並不該當，因此環保署不能依環評法第22條自行擴張解釋命開發單位停止實施開發行為，環評法除前述第14條及第22條外，並無明確的法律授權環保主管機關或目的事業主管機關得命開發單位停止實施開發行為，因而原許可之行政處分應回歸由目的事業主管機關依據行政程序法相關規定處理。
此外，法務部曾提供意見供環保署參考，其意見略以：「查本案之環境影響說明書原經環評主管機關公告審查通過，嗣經最高行政法院判決撤銷確定，判決主要理由係：「被告機關及環境影響評估審查委員依據不充足之資訊而作成『有條件通過環境影響評估』之結論，應認構成行政機關之判斷係出於錯誤之事實認定或錯誤之資訊之違法。」故本案並非環評審查不應通過，而係原環評審查過程中有關資訊蒐集之瑕疵，且此項瑕疵得經由補送所需資料後加以彌補，從而原開發許可行為尚非因判決而隨之即當然失其效力。倘相關目的事業主管機關基於公益考量認為原開發許可行為以暫不使之失其效力為宜者，得俟開發單位補充本判決所述相關資料，重行提送環評審查委員會審議依法公告後，目的事業主管機關再視該審議結果決定原開發許可處分之存廢問題。」
另環境影響評估法第22條條文：「……必要時，主管機關得逕命其停止實施開發行為，其不遵行者，處負責人3年以下有期徒刑或拘役，得併科新臺幣30萬元以下罰金。」已為刑罰之規定，依罪刑法定主義，行為之處罰，以行為時之法律有明文規定者為限，不可擴張解釋。故若非有毫無疑義之法律明文規定，在難以認定符合環境影響評估法第22條要件之情形下，環保署無法自行擴張解釋可命開發單位停工。此外，環保署引用最高行政法院98年12月31日裁判書駁回6位當地居民聲請停止執行案之裁定理由，略以「聲請人等既未因該審查案之執行，而已受有難以恢復之損害，縱認該審查案之環評有瑕疵而經台北高等行政法院將訴願決定及原處分均撤銷，亦難認該處分已對於當地生態環境有立即重大污染情事，亦無時間上之急迫性」，亦突顯實務上法院對中科三期應否立即停工仍有不同之看法，此原理並不受最高行政法院99年1月21日判決之影響。
環保署依最高行政法院之判決，要求中科管理局補正資料後延續環評審查，是為尊重法院之判決，而列席團體、人員刻意阻撓議事進行，其實是不尊重法院之判決。環保署是環評法的主管機關，法務部是行政程序法的主管機關，既然是法律主管機關，法律適用遇有爭議時當然由主管機關進行解釋，民間團體對主管機關之解釋如有不服，應循法律訴訟途徑解決，而不應阻撓行政機關依法辦事，此部份亦有學者撰文發表相同看法，其建議民間團體依據行政程序法第113條第2項直接向國科會提出開發許可確認無效之請求，於遭駁回時，即可依據行政訴訟法第6條第1項向行政法院提起確認訴訟，才是正辦。
環保署表示，旁聽人員恣意咆哮、質詢，禁止其他發言及不讓主席裁示等行徑，已為公眾參與作了最壞的示範，環保署強調公眾參與並不等同可以不尊重會議秩序。環保署依職權召開環評審查會議，亦有責任維持會場秩序，因此，中科三期專案小組會議聽取列席團體、民眾現場陳述意見已於4月29日結束，延續會議不再開放列席團體及人員進入會場陳述意見。但環保署強調公眾參與的管道仍是暢通的，開發單位所送環境影響說明書及相關資料已公開於環保署網站，當地居民、居民代表、相關團體如對本案有意見，請以書面方式提供。