雪山隧道通車以來，環保署並無進行相關空氣品質監測，更無人體健康將受影響之證據；有關媒體報載該署證實「雪隧堵車 空氣會要命」乙事，環保署提出澄清，強調在無明確科學數據及分析下，民眾無須對於行經雪山隧道產生畏懼及恐慌。惟環保署對隧道通風造成之空氣污染管理問題，表達高度地關切與重視。該署表示，將於近日派員協助交通部進行相關空氣品質之監測，維護民眾健康及行的安全。
環保署表示，營運中之隧道空氣污染問題主要為車輛排放之一氧化碳及煙塵，而通風設計及管理工作將會影響隧道中空氣品質；倘通風系統有故障或嚴重塞車情形，將不利於隧道中空氣污染物之擴散，環保署提醒雪山隧道管理單位應加強隧道內之通風及車輛流控管理。
依據目前國際上普遍引用之世界道路協會PIARC（Permanent International Association of Road Congress）所制定之隧道空氣品質標準，一氧化碳濃度值應介於100~150ppm，郊區隧道250ppm。而一般大氣中一氧化碳小時平均值濃度標準為35ppm，一般交通測站監測濃度為1ppm。當一氧化碳濃度達到100ppm以上時，因一氧化碳對血紅素的親和力較氧大約240倍，它對人體的影響是取代氧，而與血紅素結合，使運送至組織的氧量減少；如造成腦組織缺氧，首先出現知覺及思考力減低，進而使反射動作減緩，然後會暈眩而昏昏欲睡，嚴重時會因心臟衰竭或窒息。
環保署認為，目前全世界隧道工程設計時均已考慮維護隧道中空氣品質及通風狀況，在正常行車狀況，這些污染物均可有效排出，不會造成不良影響，民眾無須緊張。環保署表示，將與交通部聯繫，協助進行雪山隧道空氣品質監測工作。