媒體台灣立報及4月7日報導「分岔路口的全國能源會議（下）」，針對該報導提及全國能源會議中與核能政策相關的討論，只是凸顯政府部門既有不同論調（環保署反對舊機組延役，能源局只顧將延役納入考量，而原能會與台電則意圖持續新增機組）云云等言論，而3月31日亦有類似報導。經環保署向該署的與會代表查證，並未於會議中作成上述發言；再查相關會議紀錄，亦未有前述發言內容記載，該些報導內容與事實有出入，特予說明。
有關全國能源會議分組會議，行政院環境保護署由沈署長世宏、邱副署長文彥、劉主任秘書銘龍擔任核心議題「永續發展與能源安全」之代表，及溫室氣體減量管理室呂執行秘書鴻光，擔任「能源管理與效率提升」之代表。
全國能源會議為尊重代表及達到多數之共識，分組會議之「永續發展與能源安全」及「能源管理與效率提升」核心議題共召開7次之議題討論會，環保署之代表發言內容如下（摘錄自全國能源會議分組會議逐字會議紀錄http://www.moeaboe.gov.tw/Policy/98EnergyMeeting/MeetingMain.aspx?pageid=reason）：
於「永續發展與能源安全」核心議題中，子議題一：低碳社會與永續發展。沈署長世宏認為：「低碳社會與永續理念的追求，低碳社會除追求經濟成長目標外，須同時滿足環境保護及社會公益均衡的永續發展原則。」、低碳社會與低碳目標的項目，增加類似「每天一人減碳一公斤」之目標。並於「四、儘速建置低碳社會與永續發展運作機制」項目中認為除建構國內碳交易市場外，應增加與國際碳交易市場接軌之機制，並認為）環境影響評估計係將各種風險以科學數字量化呈現，以作為政策決定之參考，應進行「能源開發綱領」政策環境影響評估（含經濟與產業影響評估及可行性評估），以確保「永續能源政策綱領」有效實施。
另，「能源管理與效率提升」核心議題，議題一「產業結構低碳化」之部分，因應對策「一、建立低耗能與低碳化之產業結構」中環保署代表呂執行秘書鴻光認為「應依國際公約訂定溫室氣體總量…」，總量管制推動不容易，現行規劃透過國內CDM制度、環評減量承諾抵換等方式，以推動國內碳排放交易市場建立，且未來在總量目標下，依溫室氣體減量法規範，分階段實施碳排放交易制度，依國際慣例核配及拍賣企業碳排放額度，賦予減碳責任或協助其他產業減碳，並同時要求新設廠採行最佳可行技術，引導產業朝低碳化發展，政府有權力就會要求廠商採行最佳可行技術。
於因應策略「二、引導新增重大投資因應二氧化碳減量趨勢」部分，環保署代表呂執行秘書鴻光提出：政策環評由目的主管機關執行，能源產業仍應進行政策環評。並於因應策略「三、要求既設產業提升能源使用效率」， 先期專案適用於主管機關公告之排放源，其排放碳要優於公告之排放強度，才可取得可供交換抵換之額度。抵換專案之排放額度取得，將比照CDM有關方法執法。
邱副署長文彥、劉主任秘書銘龍均未於會中發言。
因此，環保署在全國能源會議分組會議能源相關議題討論中與核能相關言論之主要意見為：建置低碳社會與永續發展運作機制，應進行「能源開發綱領」政策環境影響評估（包含：經濟與產業影響評估及可行性評估），以確保「永續能源政策綱領」有效實施。