依地方制度法直轄市之自治條例，方才報送行政院核定或備查。雲林縣政府非直轄市政府，其自治條例依法均由各該中央主管機關核定或備查。因此環保署依法函告「雲林縣工商廠場禁止使用生煤及石油焦自治條例」無效，李進勇縣長稱該自治條例須由行政院宣告無效，實屬誤解。
地方制度法第26條第4項：「自治條例經各該地方立法機關議決後，如規定有罰則時，應分別報經行政院、中央各該主管機關核定後發布；其餘除法律或縣規章另有規定外，直轄市法規發布後，應報中央各該主管機關轉行政院備查；縣 （市） 規章發布後，應報中央各該主管機關備查。」依上開規定，自治條例規定有罰則者，須報送核定後發布；無罰則者，則於發布後報送備查。又直轄市自治法規核定或備查之報送機關為行政院；縣（市）自治法規核定或備查之報送機關為中央各該主管機關。
本案因雲林縣政府並非屬直轄市政府，且該自治條例未規定有罰則，雲林縣政府乃於104年6月12日依地方制度法第26條第4項規定將該自治條例函送環保署備查，故環保署認有牴觸中央法律而依地方制度法第30條規定予以函告無效，自屬有據。