環保署採取訴訟及協商並行方式，先與韓國三湖兄弟號（SAMHO BROTHER）化學輪污染賠償責任保險人協商後，隨即向法院遞出起訴狀，爭取和解談判籌碼；並於1個月內進行5次密集協商後，針對各機關參與該船難事件緊急應變行政支出求償達成和解。
環保署表示，兄弟號化學輪於94年10月載運約3,100噸「苯」直航高雄港，10月10日凌晨行經桃園永安漁港外海被德翔香港號（T.S. HONGKONG）貨櫃輪追越碰撞左舷後方，機艙破裂大量海水進入，致船體傾斜翻覆沉沒於新竹市南寮漁港外9浬處。環保署補充，由於兄弟輪船體呈垂直船艏朝天浮出水面，在考量船體狀態嚴重危及往來船隻航安，且避免兄弟輪所載運苯洩漏污染海域環境，94年10月27日接受船東委託將船艏擊破；10月30日依原計畫目標使該船沒入側坐70米深海床，化解海上航安疑慮。
環保署說明，在完成船東化解船體影響海上航行委託作業後，雖立即彙整各機關參與本案緊急應變行政支出，並催告船東應儘速支付。但船東污染責任保險人以本案船難事件涉及兩艘船追撞肇事責任，尚需雙方污染責任保險人商議釐清責任鑑定結果，確認責任分擔再指派一方代表洽商相關費用支付事宜，環保署因此要求兄弟輪污染責任保險人SWEDISH保護與賠償協會（P&I CLUB），先行提出500萬美元擔保，以確保本事件相關費用得以支付。
今（96）年8月間，兩船污染責任保險人經長期談判後，告知環保署確認由追撞貨櫃輪GARD保護與賠償協會（P&I CLUB）負責洽談費用支付事宜，環保署即刻要求GARD指派代表於96年9月14日首度來台談判。另外，環保署為加速對方同意支付相關費用，告知將在96年10月8日依民法197條第1項規定，於2年損害賠償請求權時效內先向法院遞出起訴狀，以確保權益；同時商請承審法官諒解暫緩繳納裁判費，採訴訟及和解談判並行方式進行，爭取和解談判時間。
環保署補充說明本案訴訟對象，因三湖兄弟輪及德翔香港輪依民法規定為本件事故之共同侵權行為人，且德翔香港輪並出租第三者使用，本件訴狀併列三湖兄弟輪船東、德翔香港輪之船東及承租人為共同被告。
由於環保署先前已與相關機關協商溝通，確認應變支付項目及金額，且也正式向法院遞狀訴訟求償，GARD於96年10月18日第5次談判時，表示同意支付4,800萬行政支出費用，且將和解結果告知SWEDISH後，即可依程序簽署和解文件及撥付費用。
環保署檢討分析，90年1月發生阿瑪斯號污染墾丁龍坑事件後之船難事件，中央及地方政府緊急應變機制均已可順利運作，各應變機關亦可於第一時間內動用相關人力及設備器材，協助船東採取海上安全警戒、污染監控預防及清除等必要措施。由於每次船難事件原因、污染情形及船東污染責任保險人等因素並非相同，相關求償無法採相同模式作業，需個案考量談判求償程序，累積多次處理經驗後已可將求償期程盡可能縮短。環保署補充分析，以90年阿瑪斯號、95年吉尼號與本案兄弟輪為例，船東污染責任保險人雖均為GARD，3次和解洽談方式均不相同，但雙方基於多次協商經驗及互信之基礎，主要關鍵在於雙方均不期望藉由冗長訴訟解決爭議，徒增耗費時間及金錢。因此，本案僅於1個月內雙方即達成協議。
環保署最後表示，將與各機關商議代表簽署和解文件及確認費用撥付作業，預期可於年底完成。此外，由於沉沒兄弟輪船上殘留油品及苯移除監督工作，由交通部主政命船東於今（96）年6月委託海事公司完成船體狀態勘查作業，發現船體，目前依勘查結果及經驗，修正提報殘留油品及苯移除回收計畫，該署仍將指派專人參與，全力協助移除過程中油品及苯污染預防、清除工作。