環保署自89年成立事業廢棄物管制中心以來，藉由網路作業系統及聯單申報制度追蹤事業廢棄物流向，「事業廢棄物申報管制系統」是目前全世界唯一的即時申報管制系統，列管事業近4萬家，應申報家數約17,000家，其中工業及醫療廢棄物掌握率達85％。每日至少有12,000人次上網使用，總計每年約有300萬人次以上使用，除追蹤事業廢棄物流向外，亦可提供一般民眾查詢廢棄物相關資訊，已成為目前政府申報管制系統中上網人次最高之網站。
環保署表示，為有效管理事業廢棄物，落實「從搖籃到墳墓」的目的，管制策略係從產源開始申報事業廢棄物產出資料，藉由網路針對事業機構、清除機構、處理機構申報資料進行管理分析及勾稽查核，並據以判斷清理廢棄物內容是否合理、合法。要求事業機構申報廢棄物流向、暫存量、使用原物料、產品等資料；清除業者除配合申報外，並要求裝設GPS行車記錄器以即時追蹤清運路線；處理機構除要求連線上網申報外，並每年辦理查核評鑑工作，以確認其操作處理情形。
環保署於91年4月起成立「事業廢棄物流向追蹤及查核專案小組」，結合空、水、廢、毒各業務單位，每月定期召開會議，擬定專案辦理稽查。截至去（94）年12月底共召開40次會議，共擬定165專案，由各區督察大隊、環保警察隊或縣市環保局現場稽查10,328家，告發處分家數共986家，處分原因主要係違反廢棄物清理法第31條未依規定網路申報聯單、清理計畫書、GPS及第42條清除處理機構未依許可內容辦理等。
環保署指出，去年稽查重點為針對行業別如：畜牧業、塗料、染料及顏料製造業、印刷電路板製造業、光電材料及元件製造業、金屬熱處理業、被動電子元件製造業等辦理稽查計畫；稽查之事業廢棄物類別主要為有害集塵灰、有害廢液（包括廢酸、廢鹼、廢溶劑）、污泥等。有害集塵灰主要針對電爐製鋼及其他金屬鑄造之集塵灰等廢棄物;有害廢液主要為易燃性溶劑、有害廢酸液等;污泥主要為電鍍製程之廢水污泥、無機性污泥等從廢水處理設施所產生之廢棄物。去年共計提報83件稽查專案，稽查5,108家，處分443家，執行專案件數逐年提升，稽查對象範圍亦更為廣泛。
去年提報之稽查專案中， 10月針對產出重金屬及其化合物之廢棄物流向進行清查，比對清理計畫書、產出、暫存、聯單資料，發現198家異常事業及再利用機構，移請各區督察大隊及縣市環保局現場稽查後，告發處分35家，比例達18％，違規情形包含未依規定處理或申報廢棄物、貯存設施未符合規定等，依法分別處6萬至30萬元之罰鍰。
環保署表示，事業廢棄物管制目前利用清理計畫書、許可資料、清運動線等進行勾稽，除搭配資訊系統管理外，並製作各行業別製程之事業廢棄物產出量與其主要原物料、產品關聯表，對於現場稽查管制有相當大的幫助，已有效減少廢棄物非法傾棄行為。今（95）年重點稽查對象將針對有害集塵灰（包含焚化爐飛灰）、混合五金廢料、有害污泥、油泥、毒性化學物質等廢棄物進行查核，期有效嚇阻非法傾棄事件。