水污染防治費（下稱水污費）於今(104)年5月1日開徵後，首期水污費之申報繳納期限已於11月2日截止，總計全國共有5,359家之徵收對象完成申報，申報金額新臺幣（下同）3,058 萬2,187元。
環保署表示，該署依據立法院審查103年度中央政府總預算案之決議，於今年3月31日修正發布「水污染防治費收費辦法」，5月1日起針對畜牧業以外之事業及工業區專用污水下水道系統開徵水污費，並自7月1日起申報繳納104年第1期（5月1日至6月30日，共2個月）的水污費。
為順利推動水污費徵收作業，開徵前該署於全國北、中、南、東分區辦理15場次說明會，共有超過3,500人參加，同時設置4線專線電話提供申報諮詢服務；截至10月底止，受理之諮詢電話累計近8,000通，針對業者提出之疑義則彙整成常見問答(Q&A)，並置於水污費申報系統網站（http://wpcf.epa.gov.tw/）公開供各界查詢。另為方便業者繳費及提升收款效率，提供多元化繳費通路，業者於系統列印電子化繳款單後，即可至全國4大超商、農（漁）會信用部或金融機構繳交水污費。
經統計，本期水污費徵收列管對象共計5,500家，申報率97.4％，申報家數前3大縣市依序為桃園市910家(17.0%)、新北市773家(14.4%)及臺中市745家(13.9%)。徵收費額前3名分別為桃園市895萬7,035元、雲林縣401萬1,847元及新北市326萬1,468元。
在行業別統計方面，屬事業者共申報5,286家，申報費額2,410萬1,805元（占總費額之78.8%）；其中前3名之行業別依序為「金屬表面處理業」814家（佔總申報家數之15.2%）、「電鍍業」628家(11.7%)及「醫院、醫事機構」474家(8.8%)。申報總費額前3名依序為「造紙業」（330萬9,883元）、「印染整理業」（305萬4,673元）及「發電廠」（264萬5,637元）。另工業區專用污水下水道系統則有73家申報，申報費額648萬382元（占總費額之21.2%）。
為鼓勵業者污染減量，排放的廢（污）水水質低於放流水標準最大限值者，將依污染減量的多寡予以8折至1.5折不等之優惠；即排放水量越少，濃度越低，所繳之水污費也越少。此外，開徵初期為減緩對產業的衝擊，第1年（104年）費額減半(50%)徵收，逐年遞增10%，至第6年（109年）始全額徵收。在相關計費配套措施下，本期（計費期間2個月）約7成8的事業申報費額在1,500元以下（即年繳不到1萬元），對於絕大多數業者之影響有限。
針對逾期尚未完成本期水污費報繳之業者，環保署已函請地方環保局協助催繳。該署表示，逾期繳納之業者，除應依繳納期限當日郵政儲金1年期定期存款固定利率按日加計利息外；逾期90日仍未繳納者，事業或污水下水道系統另處6,000元以上30萬元以下罰鍰，報繳當期亦不得適用濃度優惠費額，並應依指定之水質水量計算方式（水質：該業別放流水標準最大限值90%，水量：依水污染防治許可證（文件）登記之每日最大量之90%）計費。該署呼籲尚未完成本期水污費報繳之事業，儘速依法完成繳納，以免受罰。
環保署表示，為維護徵收制度公平性及合理性，該署將依據本期水污費之徵收情形，持續滾動檢討計費方式及收費規定，並加強申報案件之勾稽查核及追補繳作業，確保水污基金之穩定運作。徵收之水污費將依法專款專用於河川污染整治及水源水質改善相關工作，以期加速改善水體環境，提升民眾生活品質。