小黑蚊近年來在台灣逐漸猖獗，嚴重影響居民生活品質及觀光休閒產業，因此政府相關單位十分重視，已分別由農委會負責農業及休閒產業之防治，衛生署負責就醫照護，國科會負責防治技術研發，環保署負責環境衛生整理，共同防治小黑蚊問題。
環保署為解決日益嚴重小黑蚊滋擾問題，已於97年委託國立中興大學團隊辦理為期3年之「推動建構小黑蚊防治專案工作計畫」，並於97年9月22日成立「小黑蚊防治推廣中心」，並邀請台中市蕭副市長、中央各部會及各縣市機關代表、專家學者等共同與會，藉以宣示表達政府單位對於防治小黑蚊之決心。
環保署表示，「推動建構小黑蚊防治專案工作計畫」主要於台中縣市及花蓮縣、嘉義縣、彰化縣、南投縣、雲林縣、臺南縣等8縣市小黑蚊危害嚴重之學校、社區、觀光景點及遊樂區等地區建構綜合防治模式，俾以提供全國地方縣市防治參考。希望藉由公部門與學術機關共同整合人力、經費與技術等資源，針對小黑蚊密度監測、生態發生與棲息調查、防治技術等，建構各類型社區小黑蚊綜合防治模式，辦理防治教育宣導與學術研討等工作項目，以有系統、有效率的全面推展。
目前已完成7縣市之氣象因子、微環境氣象因子與小黑蚊發生及變遷之相關性分析並建立資料庫等基本調查；針對8個縣市28處學校、社區等單位實施教育宣導、防治輔導、與防治模式建構，輔導社區、學校成立志工隊共計1,582人參加。98年將持續辦理小黑蚊的生態環境及棲息變遷調查，並將建構觀光景點及其周邊範圍小黑蚊綜合防治模式、進行全台主要觀光旅遊風景區小黑蚊密度調查、建構台中大坑地區休閒遊憩場所與周邊風景區之小黑蚊防治示範觀摩區等3項工作列為主要工作重點。
根據研究結果顯示，小黑蚊問題為生態環境問題，正確防治方法為「以環境整頓為主、噴藥消毒為輔」，藉由政府及透過推動社區民眾共同參與小黑蚊防治工作，積極主動整頓週邊環境，清除小黑蚊之生長環境及孳生場所，才有獲得，解決的可能。環保署呼籲，為及時協助民眾解決有關小黑蚊問題之服務管道，該署已要求地方環保單位應設置專人諮詢服務，另外該署亦提供「小黑蚊防治推廣中心」（專線電話：04-22852473；專用信箱：info@bitingmidge.org.tw）諮詢服務，民眾亦可透過該中心進行意見交流及防治諮詢。
此外，為使清淨家園運動融入你我的日常生活，環保署已建置完成「清淨家園顧厝邊部落格綠色生活網（EcoLife）」（以下簡稱綠網），透過複式動員系統的運作，結合鄉鎮市區、村里、志義工、團體及個人的力量，進行通報巡檢與清理，民眾若發現有未妥善管理，不需帳號密碼即可至綠網進行通報舉發，系統將主動通知責任區/認養區的負責單位協助清除，民眾亦可上網查詢處理情形，落實監督機制。