八八水災過後一個月期間，國軍部隊曾積極投入淹水最嚴重的屏東縣林邊鄉、佳冬鄉的淤泥清除工作，在階段性工作完成後，環保署隨即統籌調度全國環保機具、人力，全面進駐兩鄉，執行「林邊鄉、佳冬鄉洗掃街計畫」。目前兩鄉共40公里長的省道、縣道已經以高壓水柱洗掃完成，柏油路面終於露出臉來，車行期間不再塵土飛揚。看到乾淨的路面，災民和救災人員的心情彷彿也跟著好轉起來。
環保署長沈世宏表示，淤泥堆積如山固然可怕，清除之後的滿地泥濘，仍使災區民眾無法過正常生活，因此在國軍清除淤泥後，仍須靠環保機關動員，展開第二階段細部的街道洗掃工作。
這次在環保署統籌下，基隆市、台北市、台北縣、桃園縣、新竹市、新竹縣、台中縣、台中市、雲林縣、嘉義縣、台南縣、宜蘭縣、花蓮縣、高雄市等環保局，以及各縣市廢棄物清除業者都積極動員機具和人力南下林邊鄉、佳冬鄉「大會師」，協助清理環境。尤其是台北市動員溝泥車、洗街車、消毒車…等十種不同車輛機具，合計66輛，環保人員136人；台北縣更動員車輛機具168輛，環保人員221人進駐兩鄉，動員的機具、人力均屬空前。尤其部分縣市環保局完成清除受災區後，即積極轉往林邊及佳冬區協助清理；另部分受災縣市於完成其本身之清理工作後，尚且能提供機具支援其他尚未完成清理之縣市，更是令人感佩。
先進的機具、豐富的操作經驗，使兩鄉境內災後洗掃街和清溝泥的效率大增。「環保機關本著血濃於水的同胞愛，不分彼此，互相支援幫助，令人感動」，沈世宏說。
目前兩鄉各20公里主要道路（含省道、縣道）洗掃完成後，已經交由公路總局等權責單位持續維護；其餘鄉道等次要道路，則請屏東縣政府、林邊鄉公所、佳冬鄉公所比照環保署所訂洗掃街計畫的作業方式執行及維護。
公路總局目前利用每天下午時段，將林邊、佳冬兩鄉境內的省道台17線路面來回各清掃一次，同時進行側溝淤泥清除，也即將在9月23日全面完成。
此外，政府推動災後重建工作，對災民的照顧儘量做到無微不至。比如做為安置所的各大營區或榮民之家，環保署規定，原則上每三天消毒環境一次，衛生條件比較好的地點可以七天消毒一次，防止疾病發生。包括高雄縣的鳳雄、金陵、黃埔等營區都在18日剛完成消毒，下一次消毒時間排定在22日。(詳見附表)
環保署也規定，安置所的自來水三天抽驗一次，受災較不嚴重的地區或水質穩定之後，可以七天抽驗一次。目前中庄西、鳳雄、黃埔、仁美、金陵、加祿堂等營區、岡山榮家及馬蘭榮家已完成飲用水採樣，並都合格；高雄農場及屏東榮家已完成飲用水採樣，不合格者都已要求改善，環保署並將持續追蹤自來水公司改善情形，持續為災民的飲用水安全把關。