為維護離島自然生態環境，改善當地居民生活品質，自91年起環保署運用離島建設基金補助辦理各項環保建設工作，推動廢棄物減量、回收再利用、改善當地環境衛生、加強離島長期性的環境監測、縮短離島發展之數位落差、提昇環境檢驗能力與行政效率，經環保署與地方政府多年努力，執行成效良好，並促進離島朝永續發展方向邁進。
環保署表示，由於離島自然與社會條件與本島殊異，再加上地處偏遠及財政困難，因此藉由離島建設基金的挹注，大幅改善了當地環境品質，例如全面更新垃圾清運機具、補助當地垃圾處理設施營運的費用，大幅提昇垃圾妥善處理率，以金門縣為例，89年底原本僅有70﹪的垃圾妥善處理率，至94年底已大幅提昇至99.7﹪，成效卓著。
由於離島面積狹小，垃圾最終處置場址找尋不易，推動廢棄物減量及回收再利用刻不容緩，目前全國資源回收率為22.42﹪，屏東縣琉球鄉運用離島建設基金增加人力及相關設備，資源回收率已達30﹪，超過全國的平均值；剩餘未能回收的垃圾，則轉運至本島屏東崁頂焚化廠處理，在此過程中，有效控制避免發生二次污染，徹底解決困擾當地多年的垃圾處理問題。
各離島亦充分運用該基金整頓當地髒亂點、清除病媒滋生源及辦理淨灘活動，歷年來「清淨家園、漂亮台灣」全國環境清潔競賽中，金門縣、連江縣及澎湖縣均獲得優等，在鄉鎮競賽方面，屏東縣琉球鄉、台東縣綠島鄉及金門縣烈嶼鄉更獲得特優的殊榮，足為本島其他鄉鎮表率。
為了提昇行政效率，澎湖縣運用離島建設基金，興建辦公廳舍，改善辦公環境，建構電子化公文資訊系統，設立環境檢驗室，縮短離島發展之數位落差，並提昇行政效率，歷年來環保署考評各縣市環保局執行成效時，澎湖縣均能獲得甲等的優異成績。
環保署強調每一年度離島建設基金運用於環保建設相關的工作，僅有3﹪的經費，雖然比例不高，但在該署與各離島縣市環保局的共同努力之下，獲得良好的施政成果，確立了離島地區朝向永續發展良好的基礎，未來仍將持續朝此方向努力，永保當地美麗風貌。