為持續推動河川污染防治，環保署郝署長宣示九十一年為河川污染整治年，優先選定包括南崁溪等九條重點河川，期望逐步整治全台灣的河川。其中中港溪、北港溪、朴子溪、高屏溪上游為水源保護區，南崁溪為灌溉水水源，客雅溪出海口為台灣北部海域生態敏感區，二仁溪長期受廢五金熔煉業污染，典寶溪因污染致使河水呈深橘色，故列為優先整治工作重點。
環保署表示，本年度以推廣漫地流、土壤處理等自然淨化工法的運用為重點。該法具有低初設費、低操作維護費及維護管理容易等優點，倘有適當的腹地，對於水質適當且單純的生活污水，在缺乏操作技術及人力管理的地區，具相當的實質效益，可由水源區或支流排水優先推動，再推廣至一般集水區。此外，本年度並翻新事業稽查管制手法，加入科技技術與儀器，強化相關效益。目前除於水源區辦理航照，以防止養豬戶的復養外，並首度於河川區域試辦遠距監控系統，以遏止非法傾棄廢棄物及排放廢污水，同時並加強宣導民眾參與河川污染防治，提高檢舉獎金，成立民眾巡守隊，以全面查緝非法排放。目前辦理情形如下：
一、保護飲用水水源方面，為確實削減水源區的污染量，首先於水源區推動自然淨化工法處理生活污水，以土壤處理生活污水，削減水源區生活污水污染量；目前規劃辦理中者計四流域七處，包括北港溪上游三疊溪、古坑鄉、林內鄉，朴子溪竹崎地區，高屏溪甲仙鄉、六龜鄉，及台北縣瑪鍊溪流域等。另維持水源保護區養豬依法拆除補償工作成果方面，則以稽查復養行為為主，並辦理水源區航遙測計五○○幅，拍攝面積約三十六萬公頃，以及養豬場地理資料建檔，俾有效防止養豬場復養。
二、維護改善河川水質方面，朝削減各污染量的方向努力。在加強流域內事業稽查管制部分，本年度首度運用科技儀器，彌補人力稽查之不足。目前已於五流域試辦遠距監控系統計十一組，以遏止非法傾棄廢棄物及排放廢污水；其中南崁溪一組已完成設置，中港溪二組公告招標中，將軍溪、二仁溪、高屏溪計有八組施工中。此外，並鼓勵民眾檢舉污染違規事件，對檢舉重大污染事件者，每件頒給新台幣五千至二十萬元的獎金。另為彌補稽查空隙部分，環保單位並鼓勵成立志工巡守隊，預計於六流域成立四十六隊，其中南崁溪已成立四隊志工巡守隊、高屏溪及典寶溪各成立一隊、朴子溪已成立三十社區的水環境守望隊，另將軍溪、二仁溪、典寶溪還有十隊刻正籌組中。
另環保署並鼓勵採行低污染養豬技術，以削減畜牧污染量。北港溪已完成一三五場次的輔導管制，朴子溪已完成二○一場次的輔導管制，將軍溪及二仁溪各有五場收集再利用示範工作進行中，並積極與農委會合作尋求突破工作瓶頸。
此外各河川的特殊污染源並列為稽查工作重點，南崁溪已拆除三家違章電鍍業；客雅溪執行電鍍及金屬表面處理業的專案稽查；而二仁溪熔煉業部分，除九十年已拆除五十七家外，另十一家未拆除者，本年度亦獲改善，有三家轉業，另八家遷入工業區，二仁溪之熔煉業污染問題，已獲全面改善。另於典寶溪查獲五家非法排放，並移建管單位處理，水質已大幅改善。環保署並協請高屏溪流域管理委員會針對砂石業者加強稽查，以降低水質濁度。九十一年一至七月，九條河川總計稽查三、一七○廠次，處分二四九廠次。
由於生活污水污染量也是河川污染主要來源之一，該署已協請內政部加速各流域內污水下水道系統建設工作，計包括南崁溪桃園市等二十處下水道系統。該署並於下水道未普及的支流排水，推廣自然淨化法處理生活污水，計於四流域推廣七處，其中朴子溪中洋子段排水漫地流及曝氣工程及二仁溪二行社區濕地處理工程已完工，另將軍溪埤頭排水的水體接觸曝氣模場及一處生活污水質淨化工程、二仁溪三爺宮溪的水體接觸曝氣模場及一處生活污水質淨化工程等均規劃辦理中，另高屏溪武洛排水的水體接觸曝氣工程刻正招標中。
三、辦理水域（河面、河岸）髒亂清理，以改善河川景觀，已於九條河川同步推動；另並於四流域二十一處，辦理停用河川行水區垃圾場的封閉及復育，以減少圾垃滲出水的污染量，包括中港溪頭份垃圾掩埋場、北港溪古坑等四處、朴子溪太保等二處（其中新港垃圾場已完成封閉）、高屏溪三民鄉等十處。
四、防止重點河段非法傾棄並予以綠美化，增加民眾親水空間的工作，計於三流域推廣約五十七公頃，其中北港溪設河川灘地綠美化計五處計三十五公頃、二仁溪河口至黃金海岸的綠美化十六公頃刻正辦理細部設計，另高屏溪隘寮二.七公頃、鹽埔三公頃及里港堤防綠美化目前施工中。
五、 設置生態園區進行保育工作，計於六流域十六處推廣，其中朴子溪東石段三公頃、將軍溪出海口紅樹林二公頃及高屏溪出海口紅樹林十公頃施工中，另有客雅溪河口、中港溪官義渡五公頃、朴子溪六處二十四公頃、二仁溪河口沿岸二.一六公里的生態園區刻正規劃辦理中。
六、 環境監測調查及舉辦河川親水活動，另設置水質監測告示看板部分，計有南崁溪等五處刻正執行中。
環保署強調，該署已動員地方政府及各級環保機關，並積極協調各部會共同推動相關工作，以求符合民眾對河川污染整治成果的期待。