屏東縣新園鄉赤山巖於85年間，被運泰公司非法棄置有害事業廢棄物計有含重金屬污泥38,000公噸及8,238公噸含汞污泥。其中之38,000公噸重金屬污泥於91年8月順利完成清除處理。8,238公噸含汞污泥，本署除緊急清理現場，以373只貨櫃、891包太空包裝置，以防止環境污染擴大外，並協助屏東縣政府追查責任及求償政府所支出之費用。
屏東縣政府於89年間對台塑公司執行行政處分，惟台塑公司不服，提起行政訴訟。高雄高等行政法院審理本案之承審法官經前後七次開庭均一再諭知雙方以和解結案。92年8月15日，高雄高等行政法院召開台塑公司與屏東縣政府間廢棄物清理法事件之第七次和解程序庭，屏東縣政府與台塑公司就赤山巖汞污泥案達成和解。
高雄高等行政法院審理本案認為，廠商已遵當時之廢棄物清理法規定，將廢棄物委託合法處理業者代處理，而廢清法有關廠商連帶責任之規定係於88年7月法律修訂時增列，能否溯及既往，適用於修法前發生之案例頗有疑義；而本案之發生係為運泰公司非法棄置，屏東縣政府與台塑公司雙方均有應負責之處，因此承審法官經前後七次開庭均一再喻知，雙方對於事實認定有爭議，為減少行政成本，並達環保公益之目的及儘速解決本案造成之環境問題原則下，兩造應參酌行政程序法第一三六條於事實不明時，以和解結案。
本案汞污泥之處理經費，如送國外處理約需5億元，於國內專案設廠處理亦需4億元；如利用台塑設備及人力處理，台塑原本堅持處理費用為2億7,500萬元，經承審法官之建議，減為9,000萬元，而達成和解。其中9,000萬元含本署沒入台塑處理運回柬埔塞汞污泥案之保證金5,000萬元，政府實際支出處理該批汞污泥之費用為4,000萬元。
本案政府支出之全部經費仍將依廢棄物清理法之規定，向相關關係人如行為人、土地所有人、管理人及使用人等求償。本署並將籌組監督小組，訂定監督準則，以監督台塑公司之汞污泥熱處理作業，避免對環境及民眾健康造成任何衝擊。