行政院環境保護署已完成淡水河流域污染整治生態效益調查，結果發現淡水河內淡水魚的種類變多了，由民國71年開始整治前的14種，提升到現在的48種。
環保署說，本次調查的範圍地點主要以大漢溪的浮洲橋、新店溪的秀朗橋及萬板大橋、基隆河的百齡橋及中山橋、淡水河本流的紅樹林段與關渡大橋等污染負荷量較大的區域，結果發現魚類回來了，魚的種類有逐漸增加的趨勢（如附件1），由此顯示淡水河水質已有逐漸改善，才可以讓魚的種類變多。
環保署表示，魚種數量的多寡與調查作業的方法、頻度及河川水體的狀況有關，但經4次為期1年每季的調查，並分析歷年淡水河生物監測資料顯示，淡水河魚種的豐度及廣度已較整治前為多。數量較多的魚種以鯔科（烏魚、豆仔魚）、慈鯛科（吳郭魚）、虱目魚科、鯉科（鯉魚、鯽魚）、條紋雞魚科（條紋雞魚）、鯡科（環球海鯽）及棘甲鯰科（琵琶鼠）等周緣性淡水魚為最多；新近發現之魚種有康氏雙邊魚、斑海鯰、虱目魚、極樂吻鰕虎、湯鯉、短棘鰏、黃足笛鯛、粗鱗鮻、白鮻、日本真鱸、印度牛尾魚、灰鰭鯛等34種。
環保署進一步表示，調查結果以淡水河的本流紅樹林段至關渡大橋魚種最為豐富，依據關渡大橋歷年水質分析顯示，整治初期（77-81年）與近兩年（93-94年）監測平均值，溶氧（DO）由1.44 mg/L提昇至2.15mg/L，生化需氧量（BOD）由13.32 mg/L大幅下降為2.59 mg/L，氨氮（NH3-N）由4.76 mg/L下降為2.77 mg/L，皆有大幅的進步。且次級性淡水魚也增加了3種，例如大肚魚、長體蛇鲻及尼羅吳郭魚。
環保署強調，雖然淡水河流域的淡水魚種已大幅增加，並已符合全流域淡水魚至少30種以上的目標，但仍發現有部分河段測點的魚類種類偏低，因此，今後淡水河的整治工作仍需持續進行。