莫拉克颱風侵襲台灣期間，在沿海計有5艘船舶發生船難，為避免後續造成海洋污染事件，行政院環境保護署已依海洋污染防治法及「重大海洋油污染緊急應變計畫」規定，依據最大可能之洩漏估算量，啟動第2級緊急應變機制，並立即赴現場處理。
經屏東縣環保局會同環保署緊急應變專業廠商派員上船勘查結果，擱淺在屏東縣枋山鄉的柬埔寨籍(船東為韓國公司)Vogo-1拖船，載運121噸柴油，確認船體無破裂，穩定坐底於沙灘上，已要求船東先行佈設攔油索戒備，俟天候狀況許可時，將船體拖離；巴拿馬籍(船東為同一韓國公司)Vogo-2擱淺於屏東海口港，經勘查部分柴油有洩露現象，惟柴油揮發性大，不致造成嚴重油污現象，目前研擬船體拖離計畫。
在屏東縣車城鄉後灣地區擱淺之馬紹爾籍(船東為德國籍)W-O BUDMO號油輪，噸位4,950噸，長117公尺，從越南要往台中港途中遇颱風擱淺，空船並未載貨，船上載有100噸重油及70噸柴油，該署已於8月7日22：45成立第2級緊急應變中心，因屏東車城地區交通大多中斷，該署已趕赴現場執行應變作業，相關應變人員及機具已到達現場，現正審視油污染清除計畫，視天候許可後立即將殘油抽除後，再行移除船體。
屏東縣環保局奉環保署指示，於8月8日上午10時30分召開即時應變會議處理Vogo-1、Vogo-2及W-OBUDMO號等3艘船難應變事宜，獲致下列結論：
一、依據海洋污染防治法規定，請南區緊急應變聯防體系承商佈設相關防護措施，並預擬殘油抽除相關計畫。
二、請船長立即聯繫船東及責任保險公司，並即採取必要之應變措施，要求船東及責任保險公司於24小時內出面辦理後續油污染應變相關事宜，及依海洋污染防治法規定提出油污染清除計畫書。
三、因本事件損害賠償責任尚未履行，依海洋污染防治法第35條規定，函請高雄港務局限制船舶及船員離境。
另外，1943噸級ZD TOPOINT化學輪(空船)失去動力漂流中，載有重油73噸及柴油140噸，於8月8日20:30坐灘於旗津海水浴場附近海灘，由於船體無破損，目前無油污洩漏之虞，高雄市海洋局持續監控中。新友航業公司所有之「百利」號散裝貨輪擱淺於高雄縣永安天然氣工業港南方之二仁溪出海口附近，經查證該輪船舶噸位35,676噸，載有燃料重油441噸及柴油140噸，尚無油污洩漏之虞，且穩坐於海灘中。該署已派員至現場協調並連繫船東於風浪和緩後，立即依海洋污染防治法第32條規定佈設攔油索防護。