環保署建請於公民投票法草案第六條第三項有關限制性條款中，增列環境影響評估議題，對於「已作成環境影響評估審查結論之開發案」，不得作為公民投票提案，該項文字修正如下：
「預算案、租稅法案、薪俸法案、人事案及已作成環境影響評估審查結論之開發案，不得作為公民投票提案。」主要理由析陳如下：
環境基本法明確要求中央政府應建立環境影響評估制度，以預防及減輕開發行為對環境造成之不良影響，藉以達成環境保護之目的，這也是環境影響評估法的立法宗旨。環境影響評估考量的領域包括生活環境、自然環境、社會環境及經濟、文化、生態等涉多元複雜之專業領域，現行環評法規定環評審查係由三分之二以上專家學者所組之委員會，經過公平、公正、公開之方式進行，環評審查結論絕對有其獨立、客觀與專業性，所作有關得否開發之判斷，性質上本不宜由民眾以公投方式論究定奪。
舉例來說，對於水源保護區內之開發案，環保署環評審查委員會向來採取嚴格的審查標準，以避免不當開發危害水源水質。詳言之，水源區內如高爾夫球場開發、工業區、住宅社區、土石採取等開發計畫，實務上都有經環評審查認定不應開發之情形。如果開發單位或當地居民僅考量經濟利益，忽視環評專家有關該等開發行為對環境將造成負面影響之專業判斷，進而就這些開發案進行公投，竟至推翻環評審查結論，並予開發，則攸關大眾生命健康及飲水之水源水質勢將無人把關！
此外，過去國內也多次發生垃圾處理危機，急需焚化爐、衛生掩埋場等垃圾處理設施予以妥善處理。但因此類設施均屬鄰避設施，普遍不受當地居民歡迎。以台北縣八里垃圾衛生掩埋場或高雄縣仁武焚化廠為例，此類設施均曾遭當地居民強烈反對及抗爭，惟經由環評審查程序，規範這些設施採取必要之減輕環境影響的措施，並作持續性的監督追蹤，落實污染控制，目前這些地區家戶垃圾均能妥善處理，有效化解民眾疑慮。假設此類必要性環保設施之開發案均付諸公投，公投結果如否定環評審查結論，則環保問題將陷於無法解決之困境，後果不堪設想，誠非國家社會之福。
因此本署認為不能針對已經環評審查委員會做成審查結論之開發案進行公投。否則，挾公民投票力量強行通過，不僅環評機制蕩然無存，悖離憲法「經濟及科學技術發展，應與環境及生態保護兼籌並顧」及環境基本法第三條「基於國家長期利益，經濟、科技及社會發展均應兼顧環境保護。但經濟、科技及社會發展對環境有嚴重不良影響或有危害之虞者，應環境保護優先。」之揭示，亦將造成環境生態浩劫。爰將上述事項自公投法草案中加以排除，請予支持，以利環境之永續發展。