行政院環保署為強化事業廢棄物源頭管理及流向追蹤，落實事業廢棄物源頭管制政策，特委託辦理「事業廢棄物查核與輔導改善專案計畫」，自90年起每年執行1000家事業、再利用與處（清）理機構之廢棄物現場查核與輔導改善工作。截至93年底止，共計查核3,779家事業、再利用機構與434家清除、處理及清理機構，據統計已協助超過九成的事業完成改善。藉由該計畫之執行，輔導及強化事業負責人及受託清理人之專業知識及對環保法規之認知，提高事業廢棄物清運連線上網申報率及正確性，同時協助業者進行廢棄物減量管理，提升廢棄物清理知識及相關處理設備之操作運轉能力，有效減少廢棄物非法棄置情事發生。
目前環保署事業廢棄物列管對象達31,346家，應網路申報的事業為12,479家，已持續網路申報的事業為11,907家，申報率達95%以上。有鑑於過去環保機關之稽查、取締及處罰，大都未涉及廢棄物管理設施改善相關工程或技術輔導，故倘能於現有環保體系下將稽查取締與輔導改善工作結為一體，應為最具效益之管制策略。另可針對業者實際執行實務上之建議與差異，彙整相關缺失及提供解決方案，做為未來政策研擬與修正參考。
該計畫主要是針對事業之廢棄物管理現況及其質量進行瞭解，並提供處理技術及法規諮詢服務，以輔導業者妥善做好廠內廢棄物管理。除於行前辦理說明會教導業者提供相關廠內廢棄物質量平衡資料外，現場並針對廠內各廢棄物產出因子，核對其合理廢棄物產出量，並於年度終了時針對廢棄物管理優良廠商辦理「成效示範觀摩會」供其他業者改進參考。據環保署表示，查核輔導時常見的問題與缺失，主要包含清理計畫書、網路申報、廢棄物分類、貯存方法及設施、廢棄物清理流向等問題，係由於國內事業多屬中小企業，多數未設環保專責人員，對於廢棄物管理法規的熟悉度與廢棄物清理技術的專業度，均明顯不足，在此種情況下，對於被稽查處分，往往抱怨環保主管機關是「不教而殺」。因此，業者普遍都很支持先輔導後取締的作法。
目前環保署的管理政策主要朝擴大網路申報列管對象、加強勾稽與流向管制等方向，逐步建置相關管制措施與工具，且藉由建立GPS清運路線動態追蹤功能，即時掌握廢棄物清運狀況及清理流向，防範非法棄置事件發生。整個事業廢棄物申報制度不單只是各環保機關管制的工具，其實對於事業而言，更可以利用該申報作業系統做好廠內物流及廢棄物的管理，達到兼顧經濟發展與環境保護雙贏的目標。環保署表示未來仍將持續辦理事業廢棄物查核與輔導計畫，事業亦可透過「事業廢棄物管理輔導線上申請系統」（http://210.201.35.243/guidance/UserApply/home.asp）主動申請協助輔導。最後，環保署仍不忘重複叮嚀，事業應做好廠內廢棄物管理的工作，尤其當承辦人員更換時，應辦理妥善交接，以免忽略相關申報作業與後續追蹤，遭受處分。