每年冬季十一月至翌年三月是小黑蚊密度最低時期，卻也是防治小黑蚊幼蟲的最佳時機。解決小黑蚊肆虐最基本也最快速的方法是孳生源清除再輔以噴藥，但是為避免使用化學殺蟲藥劑對人畜及生態環境之傷害，環保署建議使用對昆蟲具專一性、安全性高的昆蟲生長調節劑來防治小黑蚊。
環保署表示，為解決小黑蚊滋擾問題，該署自91年起，每年補助小黑蚊危害嚴重地區的縣市政府辦理小黑蚊防治計畫，並廣邀專家學者共商防治小黑蚊對策，於今年(94年)年初更推出施用漂白水、土壤佈菌法等「非藥劑防治法」研究，試圖取代傳統化學防治法，但是幾個月來試做結果尚未見顯著成效，因此，目前小黑蚊防治快速又有效的方法仍推化學防治法。
研究小黑蚊防治多年的中興大學昆蟲系杜武俊老師，嘗試使用昆蟲生長調節劑對付小黑蚊幼蟲。杜老師表示昆蟲生長調節劑(IGR)主要成分為昆蟲賀爾蒙類似物(百利普芬)，或是昆蟲幾丁質合成抑制劑(氟芬隆)，主要殺蟲機制為干擾昆蟲進行變態，最終造成昆蟲無法羽化，其藥性對昆蟲具專一性，對人畜無毒之優點，適用於防治小黑蚊幼蟲。杜武俊老師係接受台中市及南投縣的委託，進行該項研究，執行至今，防治區施藥防治率最佳的可達98%。
環保署呼籲，噴藥防治雖然可收到短暫的成效，但民眾的參與對小黑蚊防治成效具有決定性影響。小黑蚊的發生與猖獗和地方環境、周邊生態、居民習性等因素皆息息相關，因此小黑蚊的有效防治，一定要民眾的共同配合方足以成效。民眾應建立個人防護概念，強調不提供小黑蚊產卵所需之血源，建立「不要自己養小黑蚊」的基本觀念，多管齊下降低其族群密度，方能減少小黑蚊對人類的侵擾與危害。