環保署為改善河川水質，妥善處理生活污水，自92年至今陸續補助地方政府建置49處除污型人工濕地，作為污水下水道系統建設完成前之因應措施，以師法自然生態的方式，營造具有淨化污水功能的人工濕地，減少河川的污染負荷。其中有9處獲選為國家重要濕地，近年來在中央與地方共同努力下，環境營造及生態復育成果豐碩，成為環境教育及休閒遊憩的重要場所。
為推動我國重要濕地保育工作，行政院於99年7月1日核定「國家重要濕地保育計畫」，由內政部營建署、經濟部水利署、農委會林務局、教育部及環保署共同辦理。目前全國共有82處國家重要濕地，其中屬環保署補助設置之人工濕地計有9處，包括列為國家級的淡水河流域濕地（計有新海、浮洲、打鳥埤、城林及鹿角溪等5處人工濕地），以及列為地方級的新竹縣頭前溪生態公園、高雄市大樹舊鐵橋人工濕地、屏東縣麟洛人工濕地及臺東縣關山人工濕地等4處。
環保署表示，為推動國家重要濕地保育工作，自100年至104年補助地方政府辦理濕地保育、復育、監測、生態調查、教育宣傳等事項。在中央與地方政府積極努力下，上述9處人工濕地除維持原本水質淨化功能外，濕地內生態物種日益豐富，依據104年生態復育統計成果共計2,728物種，較103年2,144物種，增加574物種，以植物、鳥類及昆蟲（蝴蝶、蜻蜓）有上升趨勢，其中以大漢溪濕地生態復育成長幅度最為明顯，發現7種保育鳥類，包含保育等級II的黑翅鳶、魚鷹、黑鳶、八哥、彩鷸，保育等級III的紅尾伯勞、燕鴴，物種多樣且生態系穩定。
為推廣濕地環境教育及提升資源使用效率，環保署持續協助地方政府透過結合鄰近大專院校、中小學社團、地方企業及社區民眾或民間團體，活化人工濕地景觀資源使用及遊憩休閒機能，以提供民眾環境教育及休閒遊憩場所，並逐漸轉型成兼具生態、教育、休憩等多元化的環境教育場所。例如新北市新海、浮洲、打鳥埤、城林及鹿角溪等人工濕地，串連成豐富的大漢溪濕地生態廊道，其中鹿角溪人工濕地於103年獲選為新北巿濕地第1座環境教育設施認證場所。新竹縣頭前溪生態公園在102年度更成為9處中第1個依據「環境教育法」取得環境教育認證場所的濕地，賦予人工濕地更系統化的教育功能。高雄市大樹舊鐵橋人工濕地在88風災後受損嚴重，在當地志工積極投入復育工作下，已回復往日風采，並為提升生態教育之能量，成功轉型為地區性之生態環境教育中心，並於104年12月21日環境教育設施場所的認證。其餘如麟洛及關山等人工濕地，結合自行車道的規劃，成為地方政府推廣休閒觀光旅遊的重要景點。
環保署指出，過去幾年在中央及地方政府、NGO團體、河川巡守隊與民眾的投入參與下，除了這9處人工濕地外，也創造出許多成功的人工濕地經營典範，如臺北市關渡自然公園內的關渡心濕地、高雄市二仁溪畔的白砂崙濕地等。為珍惜這得來不易的成果，環保署將持續推動保育工作，讓人工濕地結合當地特色開創多元價值，型塑出更豐富的濕地風貌。