環保署依「水污染防治法」，規劃水污染防治費徵收作業。將於明（95）年度起開徵，徵收對象為事業（含工廠與畜牧業等）及工業區污水下水道系統，家戶並暫未列入徵收對象。同時為降低繳費業者的負擔，訂有優惠費率措施以及逐年打折徵收機制。徵收所得經費將專款專用於水污染防治工作，以加速水體水質改善。
環保署表示，依據該署目前規劃，水污染防治費於95年1月1日起開徵，每半年繳費一次，每年7月底前繳交當年1至6月的水污染防治費，每年1月底前繳交前一年7至12月的水污染防治費。如95年1月開始徵收計算的話，95年7月才需繳費。繳費金額則依據所排放的廢水量及污染物（包含有機物質及懸浮物質）濃度計算，廢水排放量越少，濃度越低，所需繳的費用越少。排放濃度低的業者，另可享有優惠費率。根據估算，八成業者年繳金額在2萬元以下，畜牧業養豬戶部分，每頭豬由小豬飼養至出售，約半年時間，預估繳交水污費25元。此外，初期為減輕業者負擔，將採分年打折方式徵收，預估第一年打折後，八成業者年繳金額在1萬元以下。有關後續徵收作業及細節規定，該署將邀集相關業者、公會團體說明。
徵收的水污染防治費，將優先用於地面水體整治、河川沿岸生態工法改善工程操作維護，以及輔導事業進行廢水處理改善、水污染防治技術研發等，以加速提昇河川水體水質改善。