環保署於98年1至12月抽驗364處自來水供水系統及36處簡易自來水供水系統，共計採取400個水樣，檢驗包含重金屬(砷、鉛、硒、鉻、鎘、鋇、銻、鎳、汞、銀)、揮發性有機物(三氯乙烯、四氯化碳、1,1,1-三氯乙烷、1,2-二氯乙烷、氯乙烯、苯、對-二氯苯、1,1-二氯乙烯)、氟鹽、陰離子界面活性劑及消毒副產物總三鹵甲烷等21項飲用水水質標準項目，經檢測結果發現，各抽驗點分析項目之檢測點合格率，除氯乙烯、總三鹵甲烷外，其餘各分析項目之檢測合格率皆為100%。
環保署表示，氯乙烯超過飲用水水質標準(氯乙烯：0.002 mg/L)為雲林縣虎尾淨水場，其檢驗測值為0.00422 mg/L；經雲林縣環保局進行複查，其水質已符合水質標準。另，總三鹵甲烷超過飲用水水質標準(總三鹵甲烷：0.08 mg/L)為連江縣勝利淨水場，其檢測值為0.0859 mg/L，後經連江縣環保局再次複檢，仍超過飲用水水質標準；經查係由於勝利水庫上游集水區為軍方營區，生活污水造成水源水質有機質過高，而總三鹵甲烷是水中有機物質與消毒劑氯氣反應所產生的副產物，因此導致勝利淨水廠出水水質總三鹵甲烷偏高，甚至超過飲用水水質標準。環保署已督請連江縣環保局持續追蹤並加強水質監測，同時函請經濟部水利署，儘速輔導連江縣自來水廠檢討勝利淨水場水質之處理流程、操作方式及加氯量，並持續加強水質檢測，以改善供水水質。另軍方營區生活污水部分，已規劃施作污水處理設施，預計99年完工，屆時應可有效改善水庫原水水質問題。
環保署強調，飲用水品質是民眾日常生活關切事項，也是政府施政的重點。依本次抽驗全國飲用水中重金屬、揮發性有機物及總三鹵甲烷等有害健康項目的結果得知，公共飲用水水質中影響健康項目的化學物質99%以上均符合標準，顯示公共供水品質已具有相當程度之安全性與穩定性，環保機關將持續進行飲用水水質的監測，並督促自來水事業強化淨水場水質處理流程、操作方式及加強水質的監控。