尼伯特颱風的強風豪雨造成南部縣市及臺東縣傳出災情，尤以臺東市及太麻里等地區災情較為嚴重，環保署於第一時間掌握環保單位環境復原需求，調度中央及各縣市垃圾清除機具及處理廠場，相關資源即刻到位，協助各級環保機關於風災後積極進行環境清理、消毒及飲用水水質抽驗、垃圾處理廠（場）修復等災後復原相關工作，目前高雄市、臺南市及屏東縣已階段完成清理工作，將全力協助臺東縣在最短時間內恢復環境清潔，避免病媒蚊滋生，確保民眾飲用水安全。
環保署表示，尼伯特於7月7日夜間肆虐後，7月8日早上即主動聯繫相關縣市洽詢環境復原需求，並立即依臺東縣所提要求支援鏟裝車(山貓)、卡車、抓斗車與吊車等環境清理機具，並調度消毒藥劑送台東縣環保局、防治蚊蟲幼蟲藥劑送屏東縣環保局提供消毒防疫使用，於8日起陸續抵達；高雄市並協助增量處理臺東垃圾每日30公噸，新北市、台中市與台南市等縣市亦陸續提供機具支援予環保局調度，襄助各項環境清理及市容恢復工作。
環保署並派員至臺東縣協助環保局環境清理及飲用水檢測等工作，擬定「先救災，後復建」之清理計畫，依序將災區廢棄物妥善清理。目前飲用水水質檢驗結果均合格，主要道路（中華路等）已完成垃圾清除及搶通，本(10)日將執行次要道路垃圾清除搶通作業，明日上班前可回復正常交通，預計一週內可完成其他街道及偏鄉地區垃圾清除及妥善處理。
環保署提醒，民眾在颱風過後儘速清理家園，注意飲用水安全，飲水要煮沸後再飲用，環境清理室內消毒可購買坊間市售家用漂白水，依標示適當稀釋(例：1份漂白水加99份水稀釋)進行消毒，並清除戶外積水容器，以避免孳生蚊子。