環保署為強化應回收廢棄物回收清除處理補貼費核發之正確性，依法規劃執行各項應回收廢棄物回收清除處理程序之稽核認證作業，為有效提升稽核認證作業之品質，促進資源回收成效，建立健全之應回收廢棄物回收處理體系，該署所擬訂之「應回收廢棄物稽核認證作業辦法（草案）」，及「應回收廢棄物稽核認證作業辦法」原條文廢止預告，於96年10月3日公告於該署網站（網址：http://w3.epa.gov.tw/epalaw）「法規命令草案預告區」網頁，對於該草案公告內容如有任何建議，歡迎社會各界於公告所載期限內踴躍提供意見給該署作為訂定的參考，以使該作業辦法訂定更臻完備。
依廢棄物清理法規定，稽核認證團體應依稽核認證作業之規定，辦理應回收廢棄物之回收處理量稽核認證，應回收廢棄物稽核認證作業辦法自91年10月9日發布實施，至今即將屆滿5年，此期間稽核認證手冊及認證作業經歷多次的調整，該署為加強現行應回收廢棄物稽核認證作業之管理，整合實際作業需求，擬重新訂定「廢棄物稽核認證作業辦法（草案）」，明定專用名詞定義、稽核認證作業管理規範，該署並積極調整認證作業，導入新式查核、管理技術，以強化資源回收處理量之核定程序，使稽核認證作業更具彈性，及為響應我國推動電子化政府，推動各項稽核認證查核文件電子申報工作，以達成減少作業成本，提升稽核認證效率的目標，由於本次法規修正幅度較大，爰預告廢止「應回收廢棄物稽核認證作業辦法」原條文，並重新訂定「應回收廢棄物稽核認證作業辦法（草案）」。
「應回收廢棄物稽核認證作業辦法（草案）」，共計十七條，環保署表示，稽核認證作業制度主要精神在規範公平、公正、客觀地執行稽核工作，杜絕回收處理業者溢領資源回收基金補貼費，重新訂定的作業規範可以適度簡化稽核認證作業，增加作業之嚴謹性，達成確認認證數量，確保認證品質的目標。